Information

Kopplingsojämvikt med flera alleler och loci

Kopplingsojämvikt med flera alleler och loci



We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Länkningsojämvikt $left(D ight)$ för två bialleliska loci definieras som:

$$D=X_{11}X_{22} - X_{12}X_{21}$$

där $X_{11}, X_{12}, X_{21}, X_{22}$ är frekvenserna för haplotyperna $A_1B_1$, $A_1B_2$, $A_2B_1$, $A_2B_2$ respektive (subskriptet nummer motsvarar de två olika allelerna och $A$ och $B$ motsvarar de två olika loci)

Mina frågor är

  • Hur definieras $D$ för fler loci och ett större antal alleler?

  • Hur definieras $D$ när antalet alleler skiljer sig från locus till locus?


LD beskriver associationerna mellan alleler på olika loci. För allt mer än två bialleliska loci behöver du mer än bara ett nummer för att fullständigt beskriva associationerna. Till exempel, om vi har tre bialleliska loci 1-3, behöver vi de tre parvisa LD-koefficienterna, plus en extra trevägskoefficient. I allmänhet, om vi har $K$ loci, och $k^ ext{th}$ lokuset har $n_k$ alleler, finns det $prod_k n_k$ möjliga haplotyper, så för att fullständigt beskriva befolkningens tillstånd behöver vi $prod_k n_k-1$ haplotypfrekvenser. Om vi ​​istället vill använda allelfrekvenser och associationer behöver vi därför $$prod_k n_k-1-sum_k(n_k-1)=prod_k n_k-sum_k n_k+k-1$$ LD-koefficienter. (Observera att varje lokus beskrivs av $n_k-1$ allelfrekvenser.) Det betyder att saker och ting blir komplicerade ganska snabbt med många loci! Om du vill dyka in i detaljerna, kolla in Barton och Turelli (1991) och Kirkpatrick, Johnson och Barton (2002).


Eftersom jag är en typisk molekylärbiolog känner jag mig lite obekväm med klassiska genetiktermer. Jag kanske omdefinierar några symboler (kanske betyder detsamma) [Det är som att prata med sig själv samtidigt som man tänker].


Det finns fyra DNA-block: A1, B1, A2 och B2. Ak och Bk är intilliggande block. [Kanske är det samma som du definierade symbolerna som]. A och B är sammanhängande DNA-regioner medan 1 och 2 är olika kromosomer (homologa regioner). Se figuren nedan.

Formeln:

D=X11X22 - X12X21

betyder i princip att skillnaden mellan sannolikheten för att loci är ikonfiguration I(11 & 22) ellerkonfiguration II (bytt)(12 & 21). Låt oss säga att det finns en tredje region (3) som är homolog med de två alleler som har DNA-block A3 och B3.

Som LD definieras är det en skillnad i sannolikheter. Beroende på hur du definierar kommer det att ha ett negativt eller ett positivt värde. När du har 3 rekombinationsmässigt genomförbara alleler då kan det finnas sex fall:

  1. C1: [A1B1] [A2B2] [A3B3]
  2. C2: [A1B1] [A2B3] [A3B2]
  3. C3: [A1B3] [A2B2] [A3B1]
  4. C4: [A1B2] [A2B1] [A3B3]
  5. C5: [A1B2] [A2B3] [A3B1]
  6. C6: [A1B3] [A2B1] [A3B2]

I det här fallet finns det ingen enskild åtgärd för skillnad. Du kan också göra något så här:

LD1' = P(C1) + P(C2) - (P(C3) + P(C4) + P(C5) + P(C6))

Där LD1' är LD för region 1 och P(Cm) är frekvensen för mth konfiguration.

Nu, om det finns 3 eller fler intilliggande DNA-block, kan du bara definiera LD, parvis. Det är dock vettigt eftersom kopplingen minskar med avståndet och du kan beräkna LDAC = LDAB x LDföre Kristus
(A, B och C är sammanhängande i alfabetisk ordning. Om A och B inte är länkade kan A och C inte länkas.)


Kopplingsojämvikt med flera alleler och loci - Biologi

> endstream endobj 43 0 obj > endobj 44 0 obj > endobj 45 0 obj >stream H bd`ad`dd rv s vL) 0q6q5 O ' 1012 9 ! f``lg`d`b g` SP c`edd a U > +

pD㡀 =㗫pobD Jag P ̣ $̀P M Ш oA, n ʙ(쑎 F v?g] ` "8ua endstream endobj 52 0 obj > endobj 53 0 obj > endobj 54 0 obj > endobj 55 0 obj >stream H :G7 r -qt jDDS F+Jl - ӶR¯ -=, J C< C c - N 1 < >åå"(9 D C o 6 :r ì g -

RXjW81Tgp(8 /#L=t/3c)517""Y[dKe+[p>) [email protected]"?^r:0`@)-([email protected]+X-iZN) 4GXY20REE=-&9r *[email protected])S0I/:+G ankFkhtWe+Qi-Unhe8i(s7 'i_ endstream endobj 61 0 obj >stream 8Z7$*p#kTYCO'][email protected]'=updG# *Q#f?Kem(2[Rp]'8q(c_XZ0V7 Jtd3'*=VF/%M4MO2i?- $FHg]N7Sf7=5 TV*7'5$>] endstream endobj 62 0 obj >stream 8Z7$^MbU#kXA:LJrMi 7h3U5q?9:qp,:Ep#roU'tD#VSt1abHPO6BuCU.(7R*?t"!^ 'Yi]jJ"Kr6$!!Jea^T"e6D&aTVpVTS7U3A74X? Yl_U0XdW&NSQ691EP33Sf:J e$^JO6&=/cn-ebaQRK-/9df9?

i`rW/[email protected]$mS]!F=mXMF]h,)lh/e1T koh `c5%+%mdPJYm=)7i2p*e'[)GS-2!A82LUgpF#hc41%!b l( %I==]Q^k^MH! i7WWhg&'Z`*,*.CAd,#Y>EsY4a7DMEr33 4%cn$ endstream endobj 63 0 obj >ström 8Z7$^/CM#j% FCf >iBE#RQ,).rLIDMZgs>oCX 1+D3=_8$#"' iif]:ZZ`t?EELW8R/,m5 OnE*.GE+3#">6g9(^lURl9.M #[email protected] ?chUs>[email protected]$SZtHBnj[r0%g WqErN_e'3FWh?$O*"hgG&fJbm!UX)&sH :gi>`9*,4p])[email protected]=Ti` 4m$(Q#k+ @H8G b^FoESKUfmSJ#+=bNjn'DA&7-0`+E6ABCJ0]^+NP-eStGD`%I_4ttMs_^'1YU0*X7 s6a^NY:Gq(G=TsG LmZ5hjbs [email protected]?&FIa8SiI*4Wb3D.nQ $(!L-nY##6'u8lffN/T?8],W_!,J.)IM&N p1O]6rp?3BB)jcK%!)

> endstream endobj 65 0 obj >ström 8Z7

Hardy-Weinberg lag med dess tillämpningar | Genetik

I den här artikeln kommer vi att diskutera Hardy-Weinberg-lagen med dess tillämpningar.

År 1908 utvecklade matematikern G. H. Hardy i England och läkaren W. Weinberg i Tyskland oberoende en kvantitativ teori för att definiera populationers genetiska struktur. Hardy-Weinberg-lagen tillhandahåller en grundläggande algebraisk formel för att beskriva de förväntade frekvenserna av olika genotyper i en population.

Likheten i deras arbete förblev dock obemärkt tills Stern (1943) uppmärksammade båda tidningarna och rekommenderade att namnen på båda upptäckarna skulle kopplas till populationsformeln. Lagen säger att genfrekvensen i en population förblir konstant från generation till generation om inga evolutionära processer som migration, mutation, selektion och drift fungerar.

Så om parningar är slumpmässiga, och inga andra faktorer stör reproduktionsförmågan hos någon genotyp, ges de genotypiska jämviktsfrekvenserna av kvadraten på de alleliska frekvenserna.

Om det bara finns två alleler A och a med frekvenserna p respektive q, är frekvenserna för de tre möjliga genotyperna:

Om det finns 3 alleler, säg A1, A2 och A3 med frekvenserna p, q och r, skulle de genotypiska frekvenserna vara

(p + q + r) 2 = p 2 + q 2 + r 2 + 2pq + 2pr + 2qr

Denna kvadratexpansion kan användas för att erhålla de genotypiska jämviktsfrekvenserna för valfritt antal alleler.

Det måste också noteras att summan av alla allelfrekvenser, och av alla genotypiska frekvenser alltid måste vara 1. Om det bara finns två alleler p och q, så är p + q = 1, och därför p 2 + 2pq + q 2 = (p + q) 2 = 1. Om det finns 3 alleler med frekvenserna p, q och r, så är p + q + r = 1, samt (p + q + r) 2 = 1.

Den tid som krävs för att uppnå jämviktsfrekvenser har bestämts. Om en viss population av individer med en uppsättning allelfrekvenser blandas med en annan uppsättning och fullständig panmixis inträffar (det vill säga slumpmässig parning), kommer genotyperna för nästa generation att hittas i proportionen p 2 + 2pq + q 2 där p och q är allelfrekvenser i de nya blandade populationerna.

Det tar alltså bara en generation att nå Hardy-Weinberg-jämvikt förutsatt att de alleliska frekvenserna är desamma hos män och kvinnor. Om de alleliska frekvenserna är olika i de två könen, kommer de att bli desamma i en generation när det gäller alleler på autosomer, och genotypiska frekvenser kommer att nå jämvikt i två generationer.

I allmänhet uppnås jämvikt inom en eller högst några generationer. När väl jämvikt har uppnåtts kommer det att upprepas i varje efterföljande generation med samma frekvenser av alleler och genotyper.

Hardy-Weinberg-lagen är tillämplig vid slumpmässig parning. Slumpmässig parning sker i en population när sannolikheten för parning mellan individer är oberoende av deras genetiska konstitution. En sådan population sägs vara panmiktisk eller genomgå panmixis. Parningarna mellan genotyperna sker enligt de proportioner som genotyperna är närvarande i.

Sannolikheten för en given typ av parning kan utrönas genom att multiplicera frekvenserna för de två genotyper som är involverade i parningen. Parningar är inte slumpmässiga, till exempel när en befolkning består av olika raser som svarta och vita i USA, eller olika gemenskaper som i Indien eftersom det finns föredragna parningar mellan medlemmar av samma ras eller kommunala grupp.

Tillämpningar av Hardy-Weinberg-lagen:

(a) Fullständig dominans:

När Hardy-Weinberg-jämvikt existerar kan allelfrekvenser till och med hittas i närvaro av fullständig dominans där två genotyper inte kan särskiljas. Om två genotyper AA och Aa har samma fenotyp på grund av fullständig dominans av A över a kan allelfrekvenserna bestämmas från frekvenserna hos individer som visar den recessiva fenotypen aa.

Frekvensen av aa-individer måste vara lika med kvadraten på frekvensen för den recessiva allelen q. Låt oss anta att q = 0,5, sedan q 2 – (0,5) 2 = 0,25. Med andra ord när aa-fenotypen är 0,25 i populationen, så följer det att frekvensen av den recessiva allelen a är √0,25 – 0,5. Frekvensen för den dominanta allelen A skulle vara 1 – q eller 1 – 0,25 = 0,75.

(b) Frekvenser av skadliga recessiva alleler:

Hardy-Weinberg-lagen kan också användas för att beräkna frekvensen av heterozygota bärare av skadliga recessiva gener. Om det finns två alleler A och a vid ett autosomalt lokus med frekvenserna p och q i populationen och p + q = 1, så skulle frekvensen av AA-, Aa- och aa-genotyper vara p 2 + 2pq + p 2 .

Om aa genotypen uttrycker en skadlig fenotyp såsom cystisk fibros, då skulle andelen drabbade individer i populationen vara q 2 och frekvensen av de heterozygota bärarna av den recessiva allelen skulle vara 2pq.

För att illustrera med siffror, anta att ett av 1 000 barn är drabbat av cystisk fibros, då är frekvensen q 2 = 0,001, så att q = √0,001 vilket är ungefär 0,032, sedan 2pq = 2 x 0,032 x 0,062 = 0. Det betyder att cirka 62 individer av 1000 eller en av 16 är bärare av allelen för cystisk fibros.

Som redan nämnts är antalet individer (aa) som faktiskt är drabbade en av 1000. Detta innebär att frekvensen av heterozygota bärare är mycket högre än för drabbade homozygoter.

Liknande beräkningar visar att när en allel är mycket sällsynt i befolkningen är andelen bärare fortfarande mycket högre och av påverkade homozygoter mycket lägre. Sänk alltså frekvensen av en allel, större andelen av den allelen som finns i heterozygoterna.

(c) Flera alleler:

Hardy-Weinberg-lagen tillåter beräkning av genotypiska frekvenser vid loci med mer än två alleler, såsom ABO-blodgrupper. Det finns 3 alleler I A , I B och I° med frekvenserna p, q och r. Här är p + q + r = 1. Genotyperna för en population med slumpmässig parning skulle vara (p + q + r) 2 .

(d) Sexlänkade platser:

Det är möjligt att tillämpa Hardy-Weinberg Law för beräkning av genfrekvenser vid könsbundna loci hos män och kvinnor. Rödgrön färgblindhet är en könsbunden recessiv egenskap. Låt r beteckna den recessiva allelen som producerar drabbade individer, och R den normala allelen. Frekvensen för R är p och för r är q där p + q = 1. Frekvenserna för honor som har RR, Rr, rr genotyper skulle vara p 2 , 2pq, q 2 respektive.

Hanar är olika eftersom de är hemizygota, har bara en X-kromosom som härrör från modern med en enda allel antingen R eller r. Frekvensen av drabbade r-hanar skulle vara densamma som frekvensen av r-allelen bland äggen som är q. Frekvensen för normala R-hanar skulle vara p. Antag att frekvensen av r-alleler är 0,08, då skulle förekomsten av drabbade män vara 0,08 eller cirka 8 %.

Frekvensen av drabbade rr-honor skulle vara (0,08) 2 = 0,0064 eller 0,64 %. Sålunda förklarar Hardy-Weinberg-lagen att män skulle drabbas hundra gånger oftare än kvinnor. Detta är faktiskt vad som observeras. Hanar påverkas mer av könsbundna recessiva egenskaper än kvinnor.

Skillnaden mellan könen är ännu mer uttalad om den recessiva allelen fortfarande är mer sällsynt. Incidensen av en vanlig form av blödarsjuka är en av tusen män, så q = 0,001. Men bara en av 1 000 000 kvinnor kommer att drabbas. Hanar kan alltså ha blödarsjuka tusen gånger oftare än kvinnor.

(e) Kopplingsojämvikt:

Betrakta två eller flera alleler på ett lokus och ett annat lokus på samma kromosom med två eller flera alleler. På grund av genetiskt utbyte genom rekombination som sker regelbundet under en tidsperiod, kommer frekvenserna av de alleliska kombinationerna vid de två syntena loki att nå jämvikt.

Om jämvikt inte uppnås, sägs allelerna vara i länkojämvikt. Effekten beror på tendensen hos två eller flera länkade alleler att ärvas tillsammans oftare än förväntat. Sådana grupper av gener har också kallats supergener.


J.M. Abdallah B. Goffinet C. Cierco-Ayrolles M. Pérez-Enciso (2003) ArtikelTitel Linkage disequilibrium fine mapping of quantitative trait loci: A simulation study Genet. Sel. Evol. 35 513–532 Förekomsthandtag 10.1051/gse:2003037 Förekomsthandtag 12939203 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3sXnvF2ktLo%3D

M. Aguade (2001) ArtikelTitel Nukleotidsekvensvariation vid två gener i fenylpropanoida vägen, FAH1 och F3H gener, i Arabidopsis thaliana Mol. Biol. Evol. 18 1–9 Förekomsthandtag 11141187 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3MXhtVSms78%3D

J.M. Akey K. Zhang M. Xiong L. Jin (2003) Artikeltitel Effekten av identifieringsstrategier för enkelnukleotidpolymorfism på uppskattningar av kopplingsojämvikt Mol. Biol. Evol. 20 232–242 Förekomsthandtag 12598690 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3sXhsVOiur8%3D

J.M. Akey G. Zhang K. Zhang L. Jin M.D. Shriver (2002) ArticleTitle Interroging a high-density SNP-karta för signaturer av naturligt urval Genome Res. 12 1805–1814 Förekomsthandtag 10.1101/gr.631202 Förekomsthandtag 12466284 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD38XpsVOqtbw%3D

D.B. Allison (1997) ArtikelTitel Transmissionsojämviktstester för kvantitativa egenskaper Am. J. Hum. Genet. 60 676–690 Förekomsthandtag 9042929 Förekomsthandtag 1:STN:280:DyaK2s7psFGmtA%3D%3D

K.B. Alpert S.D. Tanksley (1996) Artikeltitel Högupplöst kartläggning och isolering av en konstgjord kromosomkontig från jäst som innehåller fw2.2: En viktig kvantitativ fruktviktslokus i tomat Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93 15503–15507 Förekomsthandtag 10.1073/pnas.93.26.15503 Förekomsthandtag 11038534 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DyaK2sXotVam

J.R. Andersen T. Lübberstedt (2003) ArtikelTitel Funktionella markörer i växter Trender Plant Sci. 8 1360–1385 Förekomsthandtag 10.1016/j.tplants.2003.09.010 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3sXos1Cnsrc%3D

K.G. Ardlie L. Kruglyak M. Seielstad (2002) ArtikelTitel Mönster för kopplingsojämvikt i det mänskliga genomet Nat. Rev. Genet. 3 299–309 Förekomsthandtag 10.1038/nrg777 Förekomsthandtag 11967554 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD38XjtFOrt7w%3D

Beer S.C., Siripoonwiwat W., O’Donoughue L.S., Souza E., Matthews D., Sorrells M.E. (1998). Samband mellan molekylära markörer och kvalitativa egenskaper i en havregroddplasmapool: Kan vi härleda kopplingar? J. Agric. Genomics e# 1 http://www.ncgri.org/ag/jag/Index.html

Bucci G., Menozzi P. (1995). Genetisk variation av RAPD-markörer i en kungsgran Picea abies Karst. befolkning. I: Plant Genome III Conference, januari 1995, Town & Country Conference Center, San Diego, CA

LM Butcher E. Meaburn L. Liu C. Fernandes L. Hill A. Al-Chalabi R. Plomin L. Schalkwyk IW Craig (2004) ArtikelTitel Genotypning av poolat DNA på mikroarrayer: en systematisk genomscreening av tusentals SNP:er i stora prover för att detektera QTL för komplexa egenskaper Beteende Genet. 34 549–555

L.R. Cardon J.I.Bell (2001) ArticleTitle Association studiedesigner för komplexa sjukdomar Nature Rev. Genet. 2 91–99 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3MXisVGjtbs%3D Förekomsthandtag 10.1038/35052543 Förekomsthandtag 11253062

O. Carlborg C.S. Haley (2004) ArtikelTitel Epistasis: för ofta försummad i komplexa egenskapsstudier Nature Rev. Genet. 5 618–625 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD2cXlvVSjt7g%3D Förekomsthandtag 15266344

A. Ching K.S. Caldwell M. Jung M. Dolan O.S. Smith S. Tingey M. Morgante A.J. Rafalski (2002) ArtikelTitel SNP-frekvens, haplotypstruktur och länkojämvikt i inavlade linjer av elitmajs BMC Genet. 3 19 Förekomsthandtag 10.1186/1471-2156-3-19 Förekomsthandtag 12366868

A.G. Clark (1990) Artikeltitel Slutledning av haplotyper från PCR-förstärkta prover av diploida populationer Mol. Biol. Evol. 7 111–122 Förekomsthandtag 2108305 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DyaK3cXitlSrsbo%3D

A.G. Clark (2003) ArticleTitle Hitta gener som ligger bakom risken för komplex sjukdom genom ojämvikt vid länkning Curr. Opin. Genet. Utveckla. 13 296–302 Förekomst Handtag 1:CAS:528:DC%2BD3sXkt1Kgurc%3D

R.M. Clark E. Linton J. Messing J.F. Doebley (2004) ArtikelTitel Mönster för mångfald i den genomiska regionen nära majs domesticeringsgenen tb1 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101 700–707 Förekomsthandtag 14701910 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD2cXhsVWhtbo%3D

Collins N.C., Lahaye T., Schulze-Lefert P. (2002). Kopplingsojämvikt och rissynteny nära kornet ROR1 och ROR2 gener. I: Plant, Animal & Microbe Genome X Conference, 12–16 januari, Town & Country Convention Center, San Diego, CA

Cregan P., Randall N., Youlin Z. (2002). Sekvensvariation, haplotypdiversitet och kopplingsojämvikt i odlade och vilda sojabönor. I: First International Conference on Legume Genomics and Genetics: Translation to crop improvement, 2–6 juni. Minneapolis-St. Paul, MN

W. Czika B.S. Weir (2004) ArticleTitle Egenskaper för det multialleliska trendtestet Biometri 60 69–74 Förekomsthandtag 10.1111/j.0006-341X.2004.00166.x Förekomsthandtag 15032775 Förekomsthandtag 000220384400009

A. Darvasi A. Weintreb V. Minke S. Weller M. Soller (1993) ArticleTitle Detektering av markör QTL-länkning och uppskattning av QTL-geneffekt och kartplats med hjälp av en mättad genetisk karta Genetik 134 943–951 Förekomsthandtag 8349116 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DyaK3sXkvVOnu7k%3D Förekomsthandtag A1993LJ51300023

B. Desplanque F. Viard J. Bernard D. Forcioli P. Saumitou-Laprade J. Cuguen H. Van Dijk (2000) ArtikelTitel Kopplingsojämvikten mellan kloroplast-DNA och mitokondrie-DNA-haplotyper i Beta vulgaris ssp. maritima L.: Båda genomens användbarhet för populationsgenetiska studier Mol. Ecol. 9 141–154 Förekomsthandtag 10.1046/j.1365-294x.2000.00843.x Förekomsthandtag 10672158 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3cXhvF2ku7k%3D

Deu M., Glaszmann J.C. (2004). Kopplingsojämvikt i sorghum. I: Plant & Animal Genomes XII Conference, 10–14 januari, Town & Country Convention Center, San Diego, CA, W10

B. Devlin N. Risch K. Roeder (1996) ArtikelTitel Disequilibrium mapping: Composite lihood for parwise disequilibrium Genomik 36 1–16 Förekomsthandtag 10.1006/geno.1996.0419 Förekomsthandtag 8812410 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DyaK28Xlt1agtr8%3D Förekomsthandtag A1996VD24600001

V. Dvornyk A. Sirviö M. Mikkonen O. Savolainen (2002) Artikeltitel Låg nukleotiddiversitet vid pal1plats i det vitt spridda Pinus sylvestris Mol. Biol. Evol. 19 179–188 Förekomsthandtag 11801746 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD38XovVCjuw%3D%3D

I.A. Eaves T.R. Merriman R.A. Barberare S. Nutland E. Tuomilehto-Wolf J. Tuomilehto F. Cucca J.A. Todd (2000) ArticleTitle De genetiskt isolerade populationerna i Finland och Sardinien kanske inte är ett universalmedel för kartläggning av länkojämviktsgener för vanliga sjukdomar Nat. Genet. 25 320–323 Förekomsthandtag 10888882 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3cXkvFKksLs%3D

F. Farnir B. Grisart W. Coppieters J. Riquet P. Berzi N. Cambisano L. Karim M. Mni S. Moisio P. Simon D. Wagenaar J. Vilkki M. Georges (2002) ArticleTitle Simultaneous mining of linkage and linkage disequilibrium för att finkarta kvantitativa egenskapslokus i utavlade halvsyskons stamtavlor: återbesök platsen för ett kvantitativt egenskapslokus med stor effekt på mjölkproduktionen på bovin kromosom 14 Genetik 161 275–287 Förekomsthandtag 12019241 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD38XkslChtb8%3D Förekomsthandtag 000175814900024

R.A. Fisher (1935) ArticleTitle Logiken för induktiv slutledning J.R. Stat. Soc. Ser. A. 98 39–54

S.A. Flint-Garcia J.M. Thornsberry IV. Buckler E.S. (2003) ArticleTitle Struktur för länkojämvikt i växter Annu. Rev. Plant Biol. 54 357–374 Förekomsthandtag 10.1146/annurev.arplant.54.031902.134907 Förekomsthandtag 14502995 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3sXntFSgu7c%3D

Garnier-Géré P., Bedon F., Pot D., Austerlitz F., léger P., Kremer A., ​​Plomion C. (2003). DNA-sekvenspolymorfism, länkojämvikt och haplotypstruktur i kandidatgener för träkvalitetsegenskaper i maritim tall Pinus pinaster Ait. I: Plant & Animal Genomes XI Conference, 11–15 januari, Town & Country Convention Center, San Diego, CA, P241

A.J. Garris S.R. McCouch S. Kresovich (2003) ArtikelTitel Befolkningsstruktur och dess effekter på haplotypdiversitet och kopplingsojämvikt kring xa5 risplats Oryza sativa L Genetik 165 759–769 Förekomsthandtag 14573486 Förekomsthandtag 000186224900027

B.S. Gaut A.D. Long (2003) ArticleTitle The lowdown på länkojämvikt Växtcell 15 1502–1506 Förekomsthandtag 10.1105/tpc.150730 Förekomsthandtag 12837942 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3sXlslWktLk%3D Förekomsthandtag 0004050038

C. Gebhardt A. Ballvora B. Walkemeier P. Oberhagemann K. Schüler (2004) ArtikelTitel Bedömning av genetisk potential i könsplasmasamlingar av växtväxter genom markör-egenskapsassociation: en fallstudie för potatis med kvantitativ variation av resistens mot senblödning och mognadstyp Mol. Ras. 13 93–102 Förekomsthandtag 10.1023/B:MOLB.0000012878.89855.df Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD2cXkt1Kkuw%3D%3D

Geburek T. (1998). Genetisk variation av kungsgran Picea abies [l.] Karst. populationer i Österrike I. Digenisk ojämvikt och mikrospatiala mönster härledda från allozymer. Forest Genet. 5 http://www.tuzvo.sk/∼paule/webdoc2.htm

H. Geiringer (1944) Artikeltitel Om sannolikhetsteorin för koppling i mendelsk ärftlighet Ann. Matematik. Statistik. 15 25–57

Glaszmann J.C. (1986). Kopplingsojämvikt mellan Est-2 och Amp-3 i rissorter. Ris Genet. Nyhetsbrev. 3

A.M. Glasmästare J.H. Nadeau T.J. Aitman (2002) ArticleTitle Hitta gener som ligger bakom komplexa egenskaper Vetenskap 298 2345–2349 Förekomsthandtag 10.1126/science.1076641 Förekomsthandtag 12493905 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD38Xps1Sju7Y%3D Förekomsthandtag 0001790459

D.B. Goldstein K.I. Ahmadi M.E. Weale N.W. Wood (2003) ArticleTitle Genome scans och kandidatgen tillvägagångssätt i studien av vanliga sjukdomar och variabla läkemedelssvar Trender Genet. 19 615–622 Förekomsthandtag 10.1016/j.tig.2003.09.006 Förekomsthandtag 14585613 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3sXosVKrsrw%3D

González-Martínez S.C., Brown G.R., Ersoz E., Gill G.P., Kuntz R.J., Beal J.A., Wheeler N.C., Neale D.B. (2004). Nukleotiddiversitet, kopplingsojämvikt och adaptiv variation i naturliga populationer av loblolly tall. I: Plant & Animal Genomes XII Conference, 10–14 januari, Town & Country Convention Center, San Diego, CA, W3

R. Gorelick M.D. Laubichler (2004) Artikeltitel Decomposing multilocus linkage disequilibrium Genetik 166 1581–1583 Förekomsthandtag 10.1534/genetics.166.3.1581 Förekomsthandtag 15082571 Förekomsthandtag 000220950100039

P.K. Gupta S. Rustgi (2004) ArtikelTitel Molekylära markörer från den transkriberade/uttryckta regionen av genomet i högre växter Funktion. Integr. Genomik 4 137–162 Förekomsthandtag 10.1007/s10142-004-0107-0 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD2cXmtVyhsLo%3D

C.A. Hackett (2002) ArticleTitle Statistiska metoder för QTL-kartläggning i spannmål Plant Mol. Biol. 48 585–599 Förekomsthandtag 10.1023/A:1014896712447 Förekomsthandtag 11999836 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD38XjsFWrtrs%3D

J. Hagenblad M. Nordborg (2002) ArtikelTitel Sekvensvariation och haplotypstruktur kring blomningstidslokuset FRI i Arabidopsis thaliana Genetik 161 289–298 Förekomsthandtag 12019242 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD38XkslChtbo%3D Förekomsthandtag 000175814900025

B.V. Halldorsson V. Bafna R. Lippert R. Schwartz F.M. DeLa Vega A.G. Clark S. Istrail (2004) Artikeltitel Optimalt haplotypblockfritt urval av taggnings-SNP:er för genomomfattande associationsstudier Genome Res. 14 1633–1640 Förekomsthandtag 10.1101/gr.2570004 Förekomsthandtag 15289481 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD2cXmvFaqtrg%3D

M.T. Hamblin S.E. Mitchell G.M. Vit J. Gallego R. Kukatla R.A. Wing A.H. Paterson S. Kresovich (2004) Artikeltitel Jämförande populationsgenetik för panikoidgräs: sekvenspolymorfism, länkojämvikt och urval i ett varierat urval av Sorghum bicolor Genetik 167 471–483 Förekomsthandtag 10.1534/genetics.167.1.471 Förekomsthandtag 15166170 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD2cXlsFOit7c%3D Förekomsthandtag 00010201051

U. Hanfstingl A. Berry E. Kellogg J.T. Costa Suffix III W. Rudiger F.M. Ausubel (1994) Artikeltitel Haplotypisk divergens i kombination med brist på mångfald vid Arabidopsis thaliana alkoholdehydrogenaslokus: roller för balansering och riktningsval Genetik 138 811–828 Förekomsthandtag 7851777 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DyaK28XitlKiug%3D%3D Förekomsthandtag A1994PP05000025

M. Hansen T. Kraft S. Ganestam T. Sall N.-o. Nilsson (2001) ArtikelTitel Kartläggning av kopplingsojämviktskartläggning av bultgenen i havsbetor med AFLP-markörer Genet. Res. 77 61–66 Förekomsthandtag 10.1017/S0016672300004857 Förekomsthandtag 11279831 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3MXktVSnsbo%3D

J. Hästbacka A. Chapelle Particle de la M. Mahtani G. Clines M.P. Reeve-Daly M. Daly B.A. Hamilton K. Kusumi B. Trivedi A. Weaver A. Coloma M. Lovett a. Buckler I. Kaitila E.S. Lander (1994) ArticleTitle Den diastrofiska dysplasi-genen kodar för en ny sulfattransportör: Positionell kloning genom kartläggning av ojämvikt med finstruktur länkar Cell 78 1078–1087

B. Haubold J. Kroymann A. Ratzka T. Mitchell-Olds T. Wiehe (2002) ArtikelTitel Rekombination och genkonvertering i en 170-kb genomisk region av Arabidopsis thaliana Genetik 161 1269–1278 Förekomsthandtag 12136029 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD38XmsF2qsrk%3D Förekomsthandtag 000177192500029

P.W. Hedrick (1987) ArtikelTitel Gametiska ojämviktsåtgärder: fortsätt med försiktighet Genetik 117 331–341 Förekomsthandtag 3666445 Förekomsthandtag 1:STN:280:DyaL1c%2FjtVKmtA%3D%3D Förekomsthandtag A1987K367300017

Hyten D.L., Song Q., Cregan P.B. (2004). Kopplingsojämvikt i fyra sojabönpopulationer. I: Plant &Animal Genomes XII Conference, 10–14 januari, Town & Country Convention Center, San Diego, CA, P534

H. Innan F. Tajima R. Terauchi N.T. Miyashita (1996) ArtikelTitel Intragenisk rekombination i Adh plats för den vilda växten Arabidopsis thaliana Genetik 143 1761–1770 Förekomsthandtag 8844162 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DyaK28XlvVSqtrk%3D Förekomsthandtag A1996VA24400023

H. Innan R. Terauchi G. Kahl F. Tajima (1999) ArticleTitle En metod för att uppskatta nukleotiddiversitet från AFLP-data Genetik 151 1157–1164 Förekomsthandtag 10049931 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DyaK1MXitVShtb4%3D Förekomsthandtag 000078966100022

H. Innan R. Terauchi N.T. Miyashita (1997) ArtikelTitel Mikrosatellitpolymorfism i naturliga populationer av den vilda växten Arabidopsis thaliana Genetik 146 1441–1452 Förekomsthandtag 9258686 Förekomsthandtag 1:STN:280:DyaK2svgtleitQ%3D%3D Förekomsthandtag A1997XM83300020

V.C. Ivandic A. Hackett E. Nevo R. Keith W.T.B. Thomas B.P. Foster (2002) ArticleTitle Analys av enkel sekvensupprepning (SSR) i vilda korn från Fertile Crescent: associationer med ekologi, geografi och blomningstid Plant Mol. Biol. 48 511–527 Förekomsthandtag 10.1023/A:1014875800036 Förekomsthandtag 11999832 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD38XjsFWrtr4%3D

Ivanissevich D., Morgante M. (2001). Sekvensdiversitet och SNP-markörutveckling i kungsgran. I: Proceedings of the XLV Italian Society of Agricultural Genetics – SIGA Annual Congress, 26–29 september, Salsomaggiore Terme, Italien

Jannink J.-L., Walsh B. (2002). Föreningskartläggning i växtpopulationer. I: Kang M.S. (red) Quantitative Genetics, Genomics and Plant Breeding, CAB International, s. 59–68

N. Jannoo L. Grivet A. Dookun A. D’Hont J.C. Glaszmann (1999) ArtikelTitel Kopplingsojämvikt bland moderna sockerrörssorter Theor. Appl. Genet. 99 1053–1060 Förekomst Handtag 1:CAS:528:DyaK1MXotVCisL8%3D

Jannoo N., Grivet L., Dookun A., D’Hont A., Glaszmann J.C. (2001). Utvärdering av den genetiska basen för sockerrörssorter och strukturering av mångfald på kromosomnivå med hjälp av molekylära markörer. I: Proceedings 4:e årsmötet i Agril. Scientists, 21–22 oktober 1999, Réduit, Maurice Réduit, FARGP, s. 123–135

C. Jiang Z.-B. Zeng (1995) ArticleTitle Multipelegenskapsanalys för genetisk kartläggning av kvantitativa egenskapsloci Genetik 140 1111–1127 Förekomsthandtag 7672582 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DyaK28Xht1Gjur4%3D Förekomsthandtag A1995RE86800023

Johnson T. (2004). Kartläggning av ojämvikt med flera punkter med hjälp av multilokus-allelfrekvensdata. http://homepages.ed.ac.uk/tobyj/

J.B. Jorde (2000) ArtikelTitel Linkage ojämvikt och sökandet efter komplex sjukdomsgen Genome Res. 10 1435–1444 Förekomsthandtag 10.1101/gr.144500 Förekomsthandtag 11042143 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3cXns1Siurk%3D

M. Jung A. Ching D. Bhattramakki M. Dolan S. Tingey M. Morgante A. Rafalski (2004) ArtikelTitel Kopplingsojämvikt och sekvensdiversitet i en 500-kbp-region runt adh1 locus i elitmajsgroddplasma Theor. Appl. Genet. 109 681–689 Förekomsthandtag 10.1007/s00122-004-1695-8 Förekomsthandtag 15300382 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD2cXnvVWjtrw%3D

S.T. Kalinowski P.W. Hedrick (2001) ArticleTitle Uppskattning av länkojämvikt för loci med flera alleler: grundläggande tillvägagångssätt och en applikation som använder data från bighornsfår Ärftlighet 87 698–708 Förekomsthandtag 10.1046/j.1365-2540.2001.00966.x Förekomsthandtag 11903565 Förekomsthandtag 1:STN:280:DC%2BD387ntVWgtw%3D%0701 Hand050701

A.B. Korol Y.I. Ronin A.M. Itskovich J. Peng E. Nevo (2001) ArtikelTitel Förbättrad effektivitet för kartläggning av kvantitativa egenskapslokusanalyser baserad på multivariata komplex av kvantitativa egenskaper Genetik 157 1789–1803 Förekomsthandtag 11290731 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3MXjsFemtbg%3D Förekomsthandtag 000168223400034

A.T.W. Kraakman R.E. Niks P.M.M.M. Vanden Berg P. Stam F.A. Van Eeuwijk (2004) ArtikelTitel Kartläggning av kopplingsojämvikt av skörd och skördestabilitet i moderna vårkornsorter Genetik 168 435–446 Förekomsthandtag 10.1534/genetics.104.026831 Förekomsthandtag 15454555 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD2cXptl2mu7Y%3D Förekomsthandtag 030720399

T. Kraft M. Hansen N.-O. Nilsson (2000) ArticleTitle Linkage obalans och fingeravtryck i sockerbetor Theor. Appl. Genet. 101 323–326 Förekomsthandtag 10.1007/s001220051486

M. Kreitman A.D. Rienzo (2004) ArticleTitle Balanseringskrav för balanseringsurval Trender Genet. 20 300–304 Förekomsthandtag 10.1016/j.tig.2004.05.002 Förekomsthandtag 15219394 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD2cXlt1ansr0%3D

Kruger S.A., Able J.A., Chalmers K.J., Langridge P. (2004). Kopplingsojämviktsanalys av hexaploid vete. I: Plant & Animal Genomes XII Conference, 10–14 januari, Town & Country Convention Center, San Diego, CA, P321

P.L. Kulwal R. Singh H.S. Balyan P.K. Gupta (2004) ArticleTitle Genetisk grund för spiringstolerans före skörd med QTL-analyser på ett och två lokus i brödvete Funktion. Integr. Genomik 4 94–101 Förekomsthandtag 10.1007/s10142-004-0105-2 Förekomsthandtag 14986154 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD2cXksVShtbs%3D

S. Kumar C. Echt P.L. Wilcox T.E. Richardson (2004) ArtikelTitel Testning för ojämvikt i kopplingen i avelspopulationen av radiatatall i Nya Zeeland Theor. Appl. Genet. 108 292–298 Förekomsthandtag 10.1007/s00122-003-1352-7 Förekomsthandtag 12898020 Förekomsthandtag 1:STN:280:DC%2BD2c%2Fitl2iug%3D%3D

J.A. Labate K.R. Lamkey M. Lee W. Woodman (2000) ArtikelTitel Hardy–Weinberg och kopplingsjämviktsuppskattningar i BSSS och BSCB1 slumpmässigt parade populationer Maydica 45 243–255 Förekomsthandtag 000165651600010

L.C. Lazzeroni (1998) ArtikelTitel Linkage ojämvikt och genkartläggning: An empirical least-squares approach Am. J. Hum. Genet. 62 159–170 Förekomsthandtag 9490574 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DyaK1cXhsVGrs74%3D

A.-E. Lehesjoki M. Koskiniemi R. Norio S. Tirrito P. Sistonen E. Lander A. Chapelle Particle de la (1993) ArticleTitle Localization of the EPM1 gen för progressiv myoklonus epilepsi på kromosom 21: länkojämvikt tillåter högupplöst kartläggning Brum. Mol. Genet. 2 1229–1234 Förekomsthandtag 8104628 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DyaK3sXmtFyqsLo%3D

R.C. Lewontin (1988) Artikeltitel Om mått på gametisk ojämvikt Genetik 120 849–852 Förekomsthandtag 3224810 Förekomsthandtag 1:STN:280:DyaL1M7jsl2itg%3D%3D Förekomsthandtag A1988Q758300025

N. Li M. Stephens (2003) ArtikelTitel Modellering av länkojämvikt och identifiering av rekombinationshotspots med hjälp av enkelnukleotidpolymorfismdata Genetik 165 2213–2233 Förekomsthandtag 14704198 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD2cXnvFOluw%3D%3D Förekomsthandtag 000187805300045

Y.C. Li T. Fahima J.H. Peng M.S. Röder V.M. Kirzhner A. Beiles A. Korol E. Nevo (2000) ArtikelTitel Edafisk mikrosatellit-DNA-divergens i vilda emmer-vete, Triticum dicoccoides, på en mikrosida: Tabigha, Israel Theor. Appl. Genet. 101 1029–1038 Förekomst Handtag 1:CAS:528:DC%2BD3cXovVaksrg%3D

K.-Y. Liang F.-C. Hsu T.H. Beaty K.C.Barnes (2001) ArtikelTitel Flerpunktslänk-ojämviktskartläggningsmetod baserad på fall-föräldertriodesignen Am. J. Hum. Genet. 68 937–950 Förekomsthandtag 10.1086/319504 Förekomsthandtag 11254451 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3MXkvFars7g%3D

J.-Z. Lin A.H.D. Brown M.T. Clegg (2001) Artikeltitel Heterogena geografiska mönster av nukleotiddiversitet mellan två alkoholdehydrogenasgener i vildkorn Hordeum vulgare underarter spontant Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98 531–536 Förekomsthandtag 11149938 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3MXnslKhuw%3D%3D

J.-Z. Lin P.L. Morrell M.T. Clegg (2002) Artikeltitel Inverkan av länkning och inavel på mönster av nukleotidsekvensdiversitet vid dubbla alkoholdehydrogenasloki i vildkorn Hordeum vulgare ssp. spontaneum Genetik 162 2007–2015 Förekomsthandtag 12524366 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3sXht1ajsLk%3D Förekomsthandtag 000180502300041

K. Liu M. Goodman S. Muse J.S. Smith Buckler J. Doebley (2003) ArtikelTitel Genetisk struktur och mångfald bland inavlade majslinjer som härleds från DNA-mikrosatelliter Genetik 165 2117–2128 Förekomsthandtag 14704191 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD2cXnvFOltA%3D%3D Förekomsthandtag 000187805300038

X.Y. Lou G. Casella R.C. Littell M.C.K. Yang J.A. Johnson R. Wu (2003) Artikeltitel En haplotypbaserad algoritm för kartläggning av ojämvikt med flera lokuslänkar av kvantitativa egenskapsställen med epistas Genetik 163 1533–1548 Förekomsthandtag 12702696 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3sXjvVensbo%3D Förekomsthandtag 000182517900027

FRÖKEN. Lund P. Sorensen B. Guldbrandtsen D.A. Sorensen (2003) ArtikelTitel Multitrait fin kartläggning av kvantitativa egenskaper loci med hjälp av kombinerad länkojämvikt och länkanalys Genetik 163 405–410 Förekomsthandtag 12586725 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3sXhvFChs74%3D Förekomsthandtag 000181039700035

Maccaferri M., Sanguineti M.C., Noli E., Tuberosa R. (2004). Befolkningsstruktur och långväga kopplingsojämvikt i en elitsamling av durumvete. I: Plant & Animal Genomes XII Conference, 10–14 januari, Town & Country Convention Center, San Diego, CA, P416

T.F.C. Mackay (2001) ArticleTitle Den genetiska arkitekturen för kvantitativa egenskaper Annu. Rev. Genet. 33 303–39

N. Maniatis A. Collins C.-F. Xu L.C. McCarthy D.R. Hewett W. Tapper S. Ennis X. Ke N.E. Morton (2002) ArticleTitle De första länkojämvikts-LD-kartorna: avgränsning av varma och kalla block genom diplotypanalys Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99 2228–2233 Förekomsthandtag 10.1073/pnas.042680999 Förekomsthandtag 11842208 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD38XitVSrtLg%3D

Manosala P., Trognitz F., Gysin R., Torres S., Nino D., Silmon R., Trognitz B., Ghislain M., Nelson R.J. (2001). Växtförsvarsgener förknippade med kvantitativ resistens mot potatisblommor. I: Plant & Animal Genome IX Conference, 13–17 januari 2001, Town & Country Hotel, San Diego, CA, P07_30.html

Mather D.E., Hayes P.M., Chalmers K., Eglinton J., Matus I., Richardson K., von Zitzewitz J., Marquez-Cedillo L. (2004). Användning av SSR-markördata för att studera länkojämvikt och populationsstruktur i Hordeum vulgare: Utsikter för föreningskartering i korn. I: Linkage Disequilibrium Workshop, 4–7 april, Novotel Barossa Valley Resort, South Australia

I. Matus A Corey T. Filichkin P.M. Hayes M.I. Vales J. Kling O. Riera-Lizarazu K. Sato W. Powell R. Waugh (2003) ArtikelTitel Utveckling och karakterisering av rekombinanta kromosomersättningslinjer (RCSL) med hjälp av Hordeum vulgare subsp. spontant som en källa till donatoralleler i Hordeum vulgare subsp. vulgärt bakgrund Genom 46 1010–1023 Förekomsthandtag 10.1139/g03-080 Förekomsthandtag 14663520 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD2cXnt1Gktg%3D%3D Förekomsthandtag 00051870166

R. Mauricio E.A. Stahl T. Korves D. Tian M. Kreitman J. Bergelson (2003) ArtikelTitel Naturligt urval för polymorfism i sjukdomsresistensgenen Rps2 av Arabidopsis thaliana Genetik 163 735–746 Förekomsthandtag 12618410 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3sXislWjuro%3D Förekomsthandtag 000181417200026

McCouch S., Garris A., Semon M., Lu H., Coburn J., Redus M., Rutger N., Edwards J., Kresovich S., Nielsen R., Jones M., Tai T. (2004) . Genetisk mångfald och befolkningsstruktur i ris. I: Plant & Animal Genomes XII Conference, 10–14 januari, Town & Country Convention Center, San Diego, CA, W6

Melchinger A.E. (1996). Framsteg i analysen av data om kvantitativa egenskaper loci. I: Chopra V.L., Singh R.B., Verma A. (red.), Proceedings, 2nd International Crop Science Congress, New Delhi, Indien, s. 773–791

DE. Meuwissen M.E. Goddard (2000) Artikeltitel Fin kartläggning av kvantitativa egenskapsställen med hjälp av länkojämvikt med nära länkade markörställen Genetik 155 421–430 Förekomsthandtag 10790414 Förekomsthandtag 1:STN:280:DC%2BD3c3ltlWhsQ%3D%3D Förekomsthandtag 000086869200036

DE. Meuwissen M.E. Goddard (2004) ArticleTitle Kartläggning av flera QTL med hjälp av länkojämvikt och länkanalysinformation och multitraitdata Genet. Sel. Evol. 36 261–279 Förekomsthandtag 15107266 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD2cXlsFGhsbY%3D

N.T. Miyashita A. Kawabe H. Innan (1999) ArtikelTitel DNA-variation i den vilda växten Arabidopsis thaliana avslöjades genom amplifierad fragmentlängdpolymorfismanalys Genetik 152 1723–1731 Förekomsthandtag 10430596 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DyaK1MXlslSqsrc%3D Förekomsthandtag 000081889600043

A.P. Morris J.C. Whittaker C.-F. Xu L.K. Hosking D.J. Balding (2003) Artikeltitel Flerpunktslänk-ojämviktskartläggning minskar platsintervallet och identifierar mutationsheterogenitet Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100 13442–13446 Förekomsthandtag 10.1073/pnas.2235031100 Förekomsthandtag 14597696 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3sXptFOisbc%3D

J.C. Mullikin S.E. Jaga C.G. Cole B.J. Mortimore C.M. Rice J. Burton L.H. Matthews R. Pavitt R.W. Plumb S.K. Sims R.M. Ainscough J. Attwood J.M. Bailey K. Barlow R.M. Bruskiewich P.N. Slaktare N.P. Carter Y. Chen C.M. Clee P.C. Coggill J. Davies R.M. Davies E. Dawson M.D. Francis A.A. Joy R.G. Lamble C.F. Langford J. Macarthy V. Mall A. Moreland E.K. Overton-Larty M.T. Ross L.C. Smith C.A. Steward J.E. Sulston E.J. Tinsley K.J. Turney D.L. Willey G.D. Wilson A.A. McMurray I. Dunham J. Rogers D.R. Bentley (2000) ArticleTitle En SNP-karta över mänsklig kromosom 22 Natur 407 516–520 Förekomsthandtag 11029003 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3cXntlSks7w%3D Förekomsthandtag 000089727400051

D.B. Neale O. Savolainen (2004) ArtikelTitel Association genetik av komplexa egenskaper i barrträd Trender Plant Sci. 9 325–330 Förekomsthandtag 10.1016/j.tplants.2004.05.006 Förekomsthandtag 15231277 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD2cXlsVSnur8%3D

M. Nordborg J.O. Borevitz J. Bergelson C.C. Berry J. Chory J. Hagenblad M. Kreitman J.N. Maloof T. Noyes P. Oefner E.A. Stahl D. Weigel (2002) ArticleTitle Omfattningen av länkojämvikt i Arabidopsis thaliana Natur Genet. 30 190–193 Förekomsthandtag 10.1038/ng813 Förekomsthandtag 11780140 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD38XhtFWltLo%3D

M. Nordborg S. Tavaré (2002) ArtikelTitel Länkojämvikt: vad har historien att berätta för oss? Trender. Genet. 18 83–90 Förekomsthandtag 10.1016/S0168-9525(02)02557-X Förekomsthandtag 11818140 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD38XovFantQ%3D%3D

M. Nothnagel R. Fürst K. Rohde (2002) Artikeltitel Entropi som ett mått för kopplingsojämvikt över multilokushaplotypblock Brum. Här. 54 186–198 Förekomsthandtag 10.1159/000070664 Förekomsthandtag 12771551 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3sXktVKntbY%3D

Nothnagel M., Rohde K., Yu F., Willis T., Pasternak S., Hardenbol P., Belmont J., Leal S.M., Gibbs R.A. (2004). Definition av haplotypblock baserat på multilocus LD-bedömning. I: Ninth International Human Genome Meeting, Estrel Convention Centre, Berlin, Tyskland, 4–7 april, P239

K.M. Olsen S.S. Halldorsdottir J.R. Stinchcombe C. Weinig J. Schmitt M.D. Purugganan (2004) ArticleTitle Linkage disequilibrium mapping of Arabidopsis CRY2blomningstidsalleler Genetik 167 1361–1369 Förekomsthandtag 10.1534/genetics.103.024950 Förekomsthandtag 15280248 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD2cXnt1Gju7s%3D Förekomsthandtag 108302003

Owens C.L. (2003a). SNP-detektion och genotypning i Vitis. I: E. Hajdu och E. Borbas (Eds.) VIII International Conference on Grape Genetics and Breeding

Owens C.L. (2003b). http://www.ars.usda.gov/research/projects/projects.htm?ACCN _NO=407003&showpars=true&fy= 2003

Owens C.L. (2004). Kombinera länkanalys och kartläggning av länkojämvikt för att dissekera genetiken för fruktfärg i vinrankor. I: Seventh International Symposium on Grapevine Physiology & Biotechnology, 21–25 juni, University of California, Davis, Kalifornien, USA

B. Padhukasahasram P. Marjoram M. Nordborg (2004) ArticleTitle Uppskattning av graden av genomvandling på human kromosom 21 Am. J. Hum. Genet. 75 386–397 Förekomsthandtag 10.1086/423451 Förekomsthandtag 15250027 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD2cXnt1Wgt7s%3D

K. Palaisa M. Morgante S. Tingey A. Rafalski (2004) ArtikelTitel Långdistansmönster av mångfald och kopplingsojämvikt kring majsen Y1 genen indikerar ett asymmetriskt selektivt svep Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 9885–9890 Förekomsthandtag 10.1073/pnas.0307839101 Förekomsthandtag 15161968 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD2cXlvVahtbs%3D

K.A. Palaisa M. Morgante M. Williams A. Rafalski (2003) ArtikelTitel Kontrasterande effekter av selektion på sekvensdiversitet och länkojämvikt vid två fytoensyntaslokus Växtcell 15 1795–1806 Förekomsthandtag 10.1105/tpc.012526 Förekomsthandtag 12897253 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3sXms1WlsLc%3D Förekomsthandtag 0001080107

A.H. Paterson Y.-R. Lin Z. Li K.F. Schertz J.F. Doebley S.R.M. Pinson S.-C. Liu J.W. Stansel J.E. Irvine (1995) ArtikelTitel Konvergent domesticering av spannmålsgrödor genom oberoende mutationer vid motsvarande genetiska loci Vetenskap 269 1714–1718 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DyaK2MXot1aitbg%3D Förekomsthandtag A1995RV94800036 Förekomsthandtag 17821643

J. Peng Y. Ronin T. Fahima M.S. Röder Y. Li E. Nevo A. Korol (2003) ArticleTitle Domestication quantitative trait loci in Triticum dicoccoides, vetets stamfader Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100 2489–2494 Förekomsthandtag 12604784 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3sXitVais78%3D

C. Pozzi L. Rossini A. Vacchietti F. Salamini (2004) Gen- och genomförändringar under domesticering av spannmål P.K. Gupta R.K. Varshney (red.) Cereal Genomics. Kluwer Academic Nederländerna 165–198

J.K. Pritchard M. Stephens N.A. Rosenberg P. Donnelly (2000) ArticleTitle Association mapping in structured populations Am. J. Hum. Genet. 37 170–181

M.D. Purugganan J.L. Suddith (1999) ArtikelTitel Molecular population genetics of floral homeotic loci: avvikelser från den jämviktsneutrala modellen vid APETALA3 och PISTILLATA gener av Arabidopsis thaliana Genetik 151 839–848 Förekomsthandtag 9927474 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DyaK1MXhtlCgsL4%3D Förekomsthandtag 000078462500036

A. Rafalski (2002) ArticleTitle Tillämpningar av enkelnukleotidpolymorfismer i grödanetik Curr. Opin. Plant Biol. 5 94–100 Förekomsthandtag 10.1016/S1369-5266(02)00240-6 Förekomsthandtag 11856602 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD38XhtlGnsLg%3D

A. Rafalski M. Morgante (2004) Artikeltitel Majs och människor: rekombinations- och länkojämvikt i två genom av liknande storlek Trender Genet. 20 103–111 Förekomsthandtag 10.1016/j.tig.2003.12.002 Förekomsthandtag 14746992 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD2cXmvFyhuw%3D%3D

Ramsay L., Russell J., Macaulay M., Thomas W.T.B., Powell W., Waugh R. (2004). Kopplingsojämvikt i europeiskt korn. I: 9th International Barley Genetics Symposium (IBGS), 20–26 juni, Brnö, Tjeckien

Rawat A. (2004). Förhållandet mellan etniska varianter av Zea mays från Asien, Afrika och Latinamerika. Ph. D.-avhandling, Jawaharlal Nehru University, New Delhi, Indien

D.E. Reich M. Cargill S. Bolk J. Ireland P.C. Sabeti D. Richter T. Lavery R. Kouyoumjian S.F. Farhadian R. Ward E.S. Lander (2001) ArtikelTitel Kopplingsojämvikt i det mänskliga genomet Natur 411 199–204 Förekomsthandtag 10.1038/35075590 Förekomsthandtag 11346797 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3MXjslGlur0%3D Förekomsthandtag 00016856230005

D.L. Remington J.M. Thornsberry Y. Matsuoka L.M. Wilson S.R. Whitt J. Doebley S. Kresovich M.M. Goodman E.S. IV. Buckler (2001) ArtikelTitel Struktur för länkojämvikt och fenotypiska associationer i majsgenomet Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98 11479–11484 Förekomsthandtag 10.1073/pnas.201394398 Förekomsthandtag 11562485 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3MXnt1yqu7s%3D

N.A. Rosenberg J.K. Pritchard J.L. Weber H.M. Cann K.K. Kidd L.A. Zhivotovsky M.W. Feldman (2002) ArtikelTitel Genetisk struktur hos mänskliga populationer Vetenskap 298 2381–2385 Förekomsthandtag 12493913 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD38Xps1Sju74%3D Förekomsthandtag 000179915900054

J. Russell A. Booth J. Fuller B. Harrower P. Hedley G. Machray W. Powell (2004) Artikeltitel En jämförelse av sekvensbaserad polymorfism och haplotypinnehåll i transkriberade och anonyma regioner av korngenomet Genom 47 389–398 Förekomsthandtag 15060592 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD2cXksFOrsb4%3D Förekomsthandtag 000221105200018 Förekomsthandtag 10.1139/g03-123

S.W. Schaeffer M.P. Goetting-Minesky M. Kovacevic J.R. Peoples J.L. Graybill J.M. Miller K. Kim J.G. Nelson W.W. Anderson (2003) ArtikelTitel Evolutionär genomik av inversioner i Drosophila pseudoobscura: bevis för epistas Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100 8319–8324 Förekomsthandtag 10.1073/pnas.1432900100 Förekomsthandtag 12824467 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3sXlsFGnt74%3D

C. Schlotterer (2003) ArtikelTitel Liftkartläggning – funktionell genomik ur populationsgenetikperspektivet Trender Genet. 19 32–38 Förekomsthandtag 10.1016/S0168-9525(02)00012-4 Förekomsthandtag 12493246 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD38XpsFaqtLs%3D

S.K. Service D.W. Lang N.B. Freimer L.A. Sandkuijl (1999) ArtikelTitel Länk-ojämviktskartläggning av sjukdomsgener genom rekonstruktion av förfäders haplotyper i grundarpopulationer Am. J. Hum. Genet. 64 1728–1738 Förekomsthandtag 10.1086/302398 Förekomsthandtag 10330361 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DyaK1MXltlOgurw%3D

K.A. Shepard M.D. Purugganan (2003) ArtikelTitel Molecular population genetics of the Arabidopsis CLAVATA2 region: den genomiska skalan av variation och selektion i en självbildande art Genetik 163 1083–1095 Förekomsthandtag 12663546 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3sXjtlOgsL4%3D Förekomsthandtag 000182046900021

I. Simko (2004) Artikeltitel En potatis, två potatis: kartläggning av haplotypföreningar i autotetraploider Trender Plant Sci. 9 441–448 Förekomsthandtag 10.1016/j.tplants.2004.07.003 Förekomsthandtag 15337494 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD2cXntVOjt7s%3D

I. Simko S. Costanzo K.G. Haynes B.J. Chris R.W. Jones (2004a) ArtikelTitel Länka ojämviktskartläggning av en Verticillium dahliae resistens kvantitativa egenskap locus i tetraploid potatis Solanum tuberosum genom en kandidatgenansats Theor. Appl. Genet. 108 217–224 Förekomst Handtag 1:CAS:528:DC%2BD2cXjtFCntQ%3D%3D

I. Simko K.G. Haynes E.E. Ewing S Costanzo B.J. Christ R.W. Jones (2004b) ArtikelTitel Kartläggning av gener för resistens mot Verticillium albo-atrum i tetraploida och diploida potatispopulationer med hjälp av haplotypassociationstester och genetisk analys Mol. Genet. Genomik 271 522–531 Förekomsthandtag 10.1007/s00438-004-1010-z Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD2cXks1KmtL8%3D

Skøt L., Humpherys M., Heywood S., Sanderson R., Armstead I., Thomas I., Chorlton K., Hamilton R.S. (2004). Tillämpningen av genekologi för att upptäcka samband mellan fenotyper och molekylära markörer i naturliga populationer av perennt rajgräs. I: Plant & Animal Genomes XII Conference, 10–14 januari, Town & Country Convention Center, San Diego, CA, W137

M. Slatkin L. Excoffier (1996) ArticleTitle Testning av länkojämvikt i genotypdata med hjälp av algoritmen för förväntningsmaximering Ärftlighet 76 377–383 Förekomsthandtag 8626222 Förekomsthandtag A1996UF37400007

R.S. Spielman W.J. Ewens (1996) Artikeltitel TDT och andra familjebaserade tester för kopplingsojämvikt och association Am. J. Hum. Genet. 59 983–989 Förekomsthandtag 8900224 Förekomsthandtag 1:STN:280:DyaK2s%2FlsFykug%3D%3D

R.S. Spielman R.E. McGinnis W.J. Ewens (1993) ArtikelTitel Transmissionstest för kopplingsojämvikt: insulingenregionen och insulinberoende diabetes mellitus (IDDM) Am. J. Hum. Genet. 52 506–513 Förekomsthandtag 8447318 Förekomsthandtag 1:STN:280:DyaK3s7ptV2rsA%3D%3D

E.A. Stahl G. Dwyer R. Mauricio M. Kreitman J. Bargelson (1999) ArtikelTitel Dynamics of disease resistens polymorphism at the Rpm1 plats för Arabidopsis Natur 400 667–671 Förekomsthandtag 10458161 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DyaK1MXlsVCktb8%3D Förekomsthandtag 000082032900054

Stracke, S., Perovic, D., Stein, N., Thiel, T. och Graner, A. 2003. Linkage disequilibrium in barley. GPZ:s 11:e Molecular Markers Symposium: http://meetings.ipk-gatersleben.de/moma2003/index.php

C.W. Stuber M. Polacco M.L. Senior (1999) ArtikelTitel Synergi av empirisk förädling, markörassisterad selektion och genomik för att öka skördepotentialen Crop Sci. 39 1571–1583 Förekomsthandtag 10.2135/cropsci1999.3961571x

P. Taillon-Miller I. Bauer-Sardina N.L. Saccone J. Putzel T. Laitinen A. Cao J. Kere G. Pilia J.P. Rice P.Y. Kwok (2000) Artikeltitel Sammanställda regioner med omfattande och minimal kopplingsojämvikt hos människans Xq25 och Xq28 Nat. Genet. 25 324–328 Förekomsthandtag 10888883 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3cXkvFKksbk%3D

P. Taillon-Miller Z. Gu Q. Li L. Hillier P.Y. Kwok (1998) Artikeltitel Överlappande genomiska sekvenser: en skattkammare av enkelnukleotidpolymorfismer Genome Res. 8 748–754 Förekomsthandtag 9685323 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DyaK1cXltFeltr0%3D

F. Tajima (1989) ArtikelTitel Statistisk metod för att testa den neutrala mutationshypotesen genom DNA-polymorfism Genetik 123 585–595 Förekomsthandtag 2513255 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DyaK3cXhslentA%3D%3D Förekomsthandtag A1989AX26700018

MI. Tenaillon M.C. Sawkins L.K. Anderson SM Stack J. Doebley B.S. Gaut (2002) Artikeltitel Mönster för mångfald och rekombination längs kromosom 1 av majs (Zea maysssp. majL.) Genetik 162 1401–1413 Förekomsthandtag 12454083 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD38XpslCisrs%3D Förekomsthandtag 000179739900034

MI. Tenaillon M.C. Sawkins A.D. Long R.L. Gaut J.F. Doebley B.S. Gaut (2001) ArtikelTitel Mönster av DNA-sekvenspolymorfism längs kromosom 1 av majs (Zea mays ssp. maj L.) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98 9161–9166 Förekomsthandtag 10.1073/pnas.151244298 Förekomsthandtag 11470895 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3MXlvFSku7k%3D

MI. Tenaillon J. U’Ren O. Tenaillon B.S. Gaut (2004) ArtikelTitel Urval kontra demografi: en multilocous undersökning av domesticeringsprocessen i majs Mol. Biol. Evol. 21 1214–1225 Förekomsthandtag 15014173 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD2cXltlKlsrk%3D

J.D. Terwilliger (1995) ArticleTitle En kraftfull sannolikhetsmetod för analys av kopplingsojämvikt mellan egenskapsställen och ett eller flera polymorfa markörlägen Am. J. Hum. Genet. 56 777–787 Förekomsthandtag 7887434 Förekomsthandtag 1:STN:280:DyaK2M7ptlyjug%3D%3D

J.D. Terwilliger K.M. Weiss (1998) ArticleTitle Kartläggning av ojämviktslänkning av komplex sjukdom: fantasi eller verklighet? Curr. Opin. Biotech. 9 578–594 Förekomsthandtag 9889136 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DyaK1MXisVOgtg%3D%3D

InstitutionalAuthorName The International HapMap Consortium (2003) ArtikelTitel Det internationella HapMap-projektet Natur 426 789–796

J.M. Thornsberry M.M. Goodman J. Doebley S. Kresovich D. Nielsen E.S.IV. Buckler (2001) Artikeltitel Dvärg8 polymorfismer associerar med variation i blomningstid Natur Genet. 28 286–289 Förekomsthandtag 10.1038/90135 Förekomsthandtag 11431702 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3MXltFSmurc%3D

D. Tian H. Araki E. Stahl J. Bergelson M. Kreitman (2002) ArtikelTitel Signatur för balanseringsurval i Arabidopsis Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99 11525–11530 Förekomsthandtag 12172007 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD38XmslSls7k%3D

S.A. Tishkoff B.C. Verrelli (2003) ArticleTitle Rollen av evolutionär historia på haplotypblockstruktur i det mänskliga genomet: implikationer för sjukdomskartläggning Curr. Opin. Genet. Utveckla. 13 569–575 Förekomst Handtag 1:CAS:528:DC%2BD3sXpt1SnsL0%3D

van der Voort J.R., Sorensen A., Lensink D., Van der Meulen M., Michelmore R., Peleman J. (2004). Förfall av kopplingsojämvikt i dm3 resistens-gen kluster av sallad. I: Plant & Animal Genomes XII Conference, 10–14 januari, Town & Country Convention Center, San Diego, CA, P748. pp

D. Verhaegen C. Plomion M. Poitel P. Costa A. Kremer (1998) ArtikelTitel Quantitative trait dissection analysis in eukalyptus med användning av RAPD-markörer: 2. länkojämvikt i en faktoriell design mellan E. urophylla och E. grandis Forest Genet. 5 61–69

Y. Vigouroux M. McMullen C.T. Hittinger K. Houchins L. Schulz S. Kresovich Y. Matsuoka J. Doebley (2002) ArticleTitle Identifiera gener av agronomisk betydelse i majs genom att screena mikrosatelliter för bevis på urval under domesticering Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99 9650–9655 Förekomsthandtag 10.1073/pnas.112324299 Förekomsthandtag 12105270 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD38XlslKhurc%3D

D.L. Wang J. Zhu Z.K. Li A.H. Paterson (1999) ArtikelTitel Kartläggning av QTL:er med epistatiska effekter och QTL × miljöinteraktioner genom blandade linjära modeller Theor. Appl. Genet. 99 1255–1264 Förekomsthandtag 10.1007/s001220051331

B.S. Weir (1996) Genetisk dataanalys II Sinauer Sunderland, MA, USA

K.M. Weiss A.G. Clark (2002) ArtikelTitel Linkage ojämvikt och kartläggning av komplexa mänskliga egenskaper Trender Genet. 18 19–24 Förekomsthandtag 10.1016/S0168-9525(01)02550-1 Förekomsthandtag 11750696 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3MXpt1agsr8%3D

Wilcox P.L., Cato S., Ball R.D., Kumar S., Lee J.R., Kent J., Richardson T.E., Echt C.S. (2002). Genetisk arkitektur för ungträdensitet i Pinus radiata och implikationer för utformningen av studier av länkojämvikt. I: Plant, Animal & Microbe Genomes X Conference, 12–16 januari, Town & Country Convention Center, San Diego, CA

Wilcox P.L., Cato S., McMillan L.K., Power M., Ball R.D., Burdon R.D., Echt C.S. (2004). Mönster av länkojämvikt i Pinus radiata. I: Plant & Animal Genomes XII Conference, 10–14 januari, Town & Country Convention Center, San Diego, CA, W89

R. Wu C.-X. Ma G. Casella (2002) ArtikelTitel Gemensam koppling och kopplingsojämviktskartläggning av kvantitativa egenskaper loci i naturliga populationer Genetik 160 779–792 Förekomsthandtag 11861578 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD38XitlWrsLc%3D Förekomsthandtag 000174097600037

R. Wu Z.-B. Zeng (2001) ArtikelTitel Kartläggning av gemensamma kopplingar och kopplingsojämvikt i naturliga populationer Genetik 157 899–909 Förekomsthandtag 11157006 Förekomsthandtag 1:STN:280:DC%2BD3M3osFWhuw%3D%3D Förekomsthandtag 000166810200040

Y.Z. Xing Y.F. Tan J.P. Hua X.L. Sun C.G. Xu Q. Zhang (2002) ArticleTitle Karakterisering av de huvudsakliga effekterna, epistatiska effekterna och deras miljöinteraktioner av QTLs på den genetiska grunden för avkastningsegenskaper i ris Theor. Appl. Genet. 105 248–257 Förekomsthandtag 12582526 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD38Xntlaqu7o%3D

M. Xiong S.-W. Guo (1997) Artikeltitel Finskalig genetisk kartläggning baserad på länkojämvikt: teori och tillämpningar Am. J. Hum. Genet. 60 1513–1531 Förekomsthandtag 9199574 Förekomsthandtag 1:STN:280:DyaK2szkt12htQ%3D%3D

Y. Yang J. Zhang J. Hoh F. Matsuda P. Xu M. Lathrop J. Ott (2003) ArtikelTitel Effektivitet av ennukleotidpolymorfism haplotypuppskattning från poolat DNA Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100 7225–7230 Förekomsthandtag 12777616 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DC%2BD3sXkslOmsrg%3D

S.B. Yu J.X. Li C.G. Xu Y.F. Tan Y.J. Gao X.H. Li Q. Zhang M.A. Saghai Maroof (1997) ArtikelTitel Betydelsen av epistas som den genetiska grunden för heteros i en elitrishybrid Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94 9226–9231 Förekomsthandtag 11038567 Förekomsthandtag 1:CAS:528:DyaK2sXls1Kls7k%3D

C. Zapata (2000) ArticleTitle D′-måttet på övergripande gametisk ojämvikt mellan par av multialleliska loci Evolution 54 1809–1812 Förekomsthandtag 11108607 Förekomsthandtag 1:STN:280:DC%2BD3MzgsVOkug%3D%3D Förekomsthandtag 000165471000032


Polymorfism

Dessutom kan naturligt urval begränsas av relationerna mellan olika polymorfismer. En morf kan ge en högre kondition än en annan, men kanske inte ökar i frekvens eftersom den mellanliggande morfen är skadlig.

Bild (PageIndex<1>):

Polymorfism i lundsnigeln: Färg- och mönsterformningar hos lundsnigeln, Cepaea nemoralis. Polymorfismen, när två eller flera olika genotyper finns inom en given art, hos lundsniglar verkar ha flera orsaker, inklusive predation av trastar.

Tänk till exempel på en hypotetisk population av möss som lever i öknen. Vissa är ljusa och smälter in i sanden, medan andra är mörka och smälter in med fläckarna av svart sten. De mörkfärgade mössen kan vara mer vältränade än de ljusa mössen, och enligt principerna för naturligt urval förväntas frekvensen av ljusa möss minska med tiden. Den mellanliggande fenotypen av en medelfärgad päls är dock mycket dålig för mössen: dessa kan inte smälta in med vare sig sanden eller stenen och blir mer sårbara för rovdjur. Som ett resultat skulle frekvensen av en mörkfärgad möss inte öka eftersom de mellanliggande morferna är mindre passform än antingen ljusa eller mörka möss. Detta är ett vanligt exempel på störande urval.


Birley, A. J.: Multi locus polymorfism och urval i en population av Drosophila melanogaster: I. Kopplingsojämvikt på kromosom III. Ärftlighet 32, 122–127 (1974).

Bodmer, J., Bodmer, W. F.: Populationsgenetik för HL-A-systemet: En sammanfattning av data från Fifth International Histocompatibility Testing Workshop. Isr. J. Med. Sci. 9, 1257 1268 (1973).

Bodmer, W. F., Felsenstein. J.: Länkning och urval: Teoretisk analys av den deterministiska modellen för slumpmässig parning med två lokus. Genetik 57, 237–265 (1967).

Cavalli-Sforza, L. L., Bodmer, W. F.: The genetics of human populations, 965 sid. San Francisco, U.S.A.: W.H. Freeman och Co. 1971.

Charlesworth, B., Chariesworth, D.: En studie av kopplingsojämvikt i populationer av Drosophila melanogaster. Genetik 73, 351–359 (1973).

Ewens, W. J.: En genetisk modell med komplext länkbeteende. Theor. Appl. Genet. 1, 140–143 (1968).

Feldman, M. W., Franklin, I. R., Thomson, G.: Selektion i komplexa genetiska system: I. Den symmetriska jämvikten för den symmetriska viabilitetsmodellen med tre lokus. Genetik 76, 135–162 (1974).

Feldman, M. W., Lewontin, R. C., Franklin, I. R., Christiansen, F. B.: Selektion i komplexa genetiska system: III. En effekt av allelmångfald med två loci. Genetik 79, 333–347 (1975).

Karlin, S., Feldman, M. W.: Länkning och urval: Två lokus symmetrisk viabilitetsmodell. Teoret. Pop. Biol. 1, 39–71 (1970).

Karlin, S., McGregor, J. L.: Polymorfismer för genetiska och ekologiska system med svag koppling. Teoret. Pop. Biol. 3, 210–238 (1972).

Kingman, J. F. C.: Ett matematiskt problem i populationsgenetik. Proc. Cambridge Phil. Soc. 57, 574–582 (1961).

Lewontin, R. C., Kojima, K.: Den evolutionära dynamiken hos komplexa polymorfismer. Amer. Natur. 59, 281–296 (1960).

Mandel, S. P. H.: Stabilitet av ett multipelt allelsystem. Ärftlighet 13, 289–302 (1959).

Roberts, R. M., Baker, W. K.: Frekvensfördelning och kopplingsojämvikt för aktiva och nollesterasisozymer i naturliga populationer av Drosophila montana. Amer. Natur. 107, 709–726 (1973).

Roux, C. Z.: Genetiska belastningar: I. Hardy Weinbergs jämvikt i slumpmässiga parningspopulationer. Teoret. Pop. Biol. 5 (1974).


Diskussion

Vi har visat att genetiska poster potentiellt kan länkas även om de innehåller icke-överlappande uppsättningar av markörer. Trots det lilla antalet markörer i en av våra datamängder – 13 STR – kan multimarkörprofiler matchas till genomomfattande SNP-profiler med mediannoggrannheter på över 90 % (tabell 1). Vidare ökar rekordmatchningsnoggrannheten med antalet markörer, och med bara några dussin markörer närmar sig noggrannheten 100 % (Fig. 4).

Det faktum att så hög matchningsnoggrannhet kan uppnås trots relativt låg imputeringsnoggrannhet vid individuella STR är kanske överraskande. Hos domesticerade nötkreatur, McClure et al. (22) observerade att SNP-haplotyper i hög grad förutsäger allelen av en STR som ligger inom haplotypen och att STR-profiler därför kunde tillräknas med hög noggrannhet. Hos människor är emellertid LD mellan STR:er och omgivande SNP:er svagare, med många distinkta STR-alleler som förekommer på samma SNP-haplotyp i en population och med flera SNP-haplotyper som har samma STR-allel (8, 9). Men eftersom en del LD existerar och eftersom SNP-baserad imputeringsnoggrannhet överstiger noll imputationsnoggrannhet, kan LD-information ackumuleras över markörer för att möjliggöra postmatchning - inte olikt det sätt på vilket små skillnader i allelfrekvens mellan populationer kan ackumuleras över markörer till möjliggör inferens av härkomst (27, 28).

Imputeringsnoggrannheten är negativt korrelerad med genetiska mångfaldsmått i de prover där genotyper tillräknas, och därför är den ofta större i populationer med låg mångfald än i populationer med hög mångfald (24, 29). Här ackumuleras denna effekt över loci, och genomsnittliga matchpoäng är därför större för matchningar hos indianer med låg heterozygositet än hos afrikaner med hög heterozygositet (tabell S3). Ökningen i matchpoäng gäller även för icke-matchande par i populationer med låg mångfald, eftersom den större likheten mellan individer i sådana populationer ökar medelvärdet för matchningspoäng för dessa par (Fig. 2). Eftersom matchresultaten är uppblåsta i populationer med låg mångfald för både matchningar och icke-matchningar, är skillnaderna mellan genomsnittliga matchresultat för matchningar och icke-matchningar lika mellan grupperna, så att potentialen att skilja matchningar från icke-matchningar inte behöver vara störst i lågmångfaldsgrupper (tabell S3).

Genomsnittliga matchresultat för matchande och icke-matchande par av individer uppdelat efter geografisk region

Vår studie lägger till en växande lista över rekordmatchande scenarier inom genetik. Vohr et al. (30) använde SNP:er för att beräkna sannolikhetskvotsbaserade matchpoäng, och förlitade sig på en fasad referenspanel för att hjälpa till att tilldela sekvensläsningar med låg täckning till samma individ. Konceptuellt liknande metoder har också använts för att identifiera felmatchningar mellan genotyper och uttrycksdata (31, 32). Vår metod förstärker detta arbete genom att använda ramverket för postmatchning och möjliggöra matchningar mellan markörer av olika typer, även när imputeringsnoggrannheten är långt under ett.

Det faktum att CODIS-imputationsnoggrannheten är relativt låg (Fig. 1) tyder på att det från en SNP-profil är osannolikt att en individs fullständiga CODIS STR-profil kan tillföras tillförlitligt. Men om den profilen redan förekommer i en CODIS STR-databas, kan en matchning mellan SNP-profilen och dess associerade STR-profil vara möjlig att identifiera. Möjligheten att matcha rekord antyder en form av bakåtkompatibilitet med CODIS STR-databasen, där SNP snarare än STR-profiler skulle samlas in på framtida prover och frågas mot både nya SNP-databaser och befintliga STR-data. STR kan sedan skrivas på sådana prover för att validera en STR–STR-matchning endast om en stark SNP–STR-matchning föreslås. Även om matchningsnoggrannheten var ofullkomlig, antyder att stränga matchpoängtrösklar många exakta matchningar innan det första felet gjordes att bakåtkompatibilitet genom rekordmatchning och uteslutning av osannolika parningar kan vara möjliga för en betydande del av proverna.

Nyttan av rekordmatchning för att utveckla rättsgenetik beror på i vilken grad den skalas till typiska kriminaltekniska datauppsättningsstorlekar, numrerande i tusentals eller miljontals profiler. Vi finner att rekordmatchningsnoggrannheten ökar när större träningsuppsättningar blir tillgängliga men minskar med testuppsättningens storlek. En ökning av antalet CODIS-loci från 13 till 20 (15) ökar potentialen för rekordmatchningsnoggrannhet var avsevärt högre i våra 20-STR-scenarier än i 13-STR CODIS-exemplen 4 loci i 2017 års uppdatering av CODIS-markörerna är tillgängliga i uppgifterna i ref. 12, och att kombinera dem med 13-lokusuppsättningen ger verkligen en avsevärd noggrannhetsökning (tabell 1). Vi förväntar oss att noggrannheten potentiellt skulle kunna ökas ytterligare om STR-genotyper producerades genom en procedur som erhåller den fullständiga DNA-sekvensen av STR:erna snarare än längden på den upprepade enheten, och därigenom dela upp repeteringslängdsalleler i finare allelklasser (33, 34) med detta tillvägagångssätt kan upplösningsnivån vid vilken alleler klassificeras som distinkta justeras till en nivå som maximerar rekordmatchningsnoggrannheten.

Även med ganska stora testset är det troligt att vissa profiler skulle kunna paras ihop med högt självförtroende. Om matchen får λ (R i, Sj) från ekv. 1 ses som sannolikhetskvoter, sedan enligt Bayes regel O [ ( M = 1 ): ( M = 0 ) | λ (Ri, Sj)] = O [(M = 1): (M = 0)] exp [λ (Ri, Sj)], [3] där O indikerar odds. Ekv. 3 kan användas för att bestämma matchpoängen som krävs för att erhålla ett specificerat posteriorodds och därmed bakre sannolikhet för en match givet de tidigare oddsen för en match. För att få bakre odds på en match >10 (dvs. posterior sannolikhet >10/11), med tidigare odds 4,3 × 10 −9 (1 på 235 miljoner, den ungefärliga vuxna befolkningen i USA vid 2010 års folkräkning), måste ett matchresultat överstiga ln [ 10 / ( 4,3 × 10 − 9 ) ] ≈ 21,6 . När vi tillämpar vår metod med hjälp av 13 CODIS-markörer i partitionen som leder till median en-till-en-matchningsnoggrannhet med 654 personer i träningssetet, överskrider 1 av 218 sanna matchresultat i testset denna tröskel, vilket motsvarar 21,8. När vi inkluderar fyra nya markörer för den uppdaterade CODIS-panelen överskrider dock 17 av 218 (7,8 %) sanna matchresultat tröskeln (maximal poäng på 31,9). Sålunda, med den utökade CODIS-uppsättningen, är det möjligt att en icke-trivial andel av CODIS- och SNP-genotyper kan matchas med hög tillförsikt, eftersom träningsuppsättningens storlek ökar matchningsnoggrannheten (Fig. S2), kan denna andel öka med en ökning av träningssetets storlek. Våra beräkningar med ekv. 3 motivera detaljerad empirisk utvärdering i större datamängder.

Potentialen för rekordmatchning av SNP- och CODIS STR-profiler, särskilt med utökade CODIS-paneler, avslöjar nya risker för integriteten. Vissa rekordpar har matchpoäng så höga att de är osannolika i frånvaro av en riktig match. Således kan auktoriserade eller obehöriga analytiker utrustade med två datauppsättningar, en med SNP-genotyper och en annan med CODIS-genotyper, möjligen identifiera några par av poster som sannolikt representerar samma person. För personer med register kopplade på detta sätt skulle CODIS-genotyper avslöja genomiska SNP-genotyper som i sin tur skulle kunna avslöja mycket mer information än CODIS-genotyperna själva – såsom exakta härkomstuppskattningar, hälso- och identifieringsinformation som åtföljer SNP-poster och förutsägelser för genetiskt påverkade fenotyper. I denna mening, i motsats till uppfattningen att CODIS-genotyper inte exponerar några fenotyper (17, 20, 21), kan en CODIS-profil på en person tillsammans med en SNP-databas – om personen finns i databasen – i princip innehålla alla de fenotypiska information som på ett tillförlitligt sätt kan förutsägas från SNP-posten. Omvänt kan deltagare i biomedicinsk forskning eller personlig genomik som har samtyckt till att dela sina SNP-genotyper vara föremål för en tidigare ouppskattad risk: identifiering i en kriminalteknisk STR-databas.

Liksom i andra situationer där dataaggregering oväntat kan avslöja genetisk information på individnivå (35 ⇓ –37), är det önskvärt att omvärdera integriteten för kriminaltekniska STR-profiler i ljuset av den utbredda tillgängligheten av olika SNP-profiler för forskare och allmänheten . Eftersom våra rekordmatchningsmetoder potentiellt kan utökas bortom detektionen av identiska personer till upptäckten av släktingar – matchning av en SNP-profil för en individ med en STR-profil för en släkting – förväntar vi oss att sekretessöverväganden även kommer att omfatta detta scenario.


Koppling av gener: egenskaper, faser och typer | Genetik

I den här artikeln kommer vi att diskutera om:- 1. Betydelsen av länkning av gener 2. Funktioner för länkning av gener 3. Faser 4 . Typer 5. Kopplingsgrupper 6. Detektion 7. Länkning och Pleiotropi 8. Koppling Betydelse i växtförädling.

  1. Betydelsen av länkning av gener
  2. Funktioner av länkning av gener
  3. Faser av koppling av gener
  4. Typer av koppling av gener
  5. Länkgrupper
  6. Detektion av koppling av gener
  7. Länkning och Pleiotropi
  8. Koppling Betydelse i växtförädling

1. Betydelsen av länkning av gener:

Några år efter återupptäckten av Mendels arvslagar, observerade Bateson och Punnett (1905) i sötärt att två par alleler inte sorterar oberoende av varandra. Morgan (1910) fann samma fenomen i drosophila och Hutchinson observerade ett tydligt fall av koppling i majs.

Alla dessa undersökningar fann att gener ärver i grupper snarare än individuellt. Denna tendens hos två eller flera gener att förbli tillsammans i samma kromosom under nedärvning kallas länkning. Med andra ord är länkning genernas tendens att ärvas i grupper.

2. Funktioner för länkning av gener:

Huvuddragen för länkning ges nedan:

1. Koppling involverar två eller flera gener som är lokaliserade i samma kromosom på ett linjärt sätt.

2. Koppling kan involvera antingen dominanta gener eller recessiva gener eller några dominanta och några recessiva gener.

3. Länkning involverar vanligtvis de gener som är nära lokaliserade.

4. Närvaro av koppling leder till högre frekvens av föräldratyper än rekombinanter i en testkorsavkomma. När två gener är kopplade avviker segregationsförhållandet för en testkorsavkomma signifikant från förhållandet 1 : 1 : 1 : 1.

5. Koppling kan involvera antingen två eller flera önskvärda egenskaper eller alla oönskade egenskaper eller några önskvärda och några oönskade egenskaper.

6. Koppling observeras för både oligogena egenskaper såväl som polygena egenskaper. Det är dock vanligare med den förra än den senare.

7. Förutom pleiotropi är länkning en viktig orsak till genetisk korrelation mellan olika växtkaraktärer.

8. Styrkan hos länkningen beror på avståndet mellan de länkade generna. Mindre avstånd högre styrka och vice versa.

9. Om överkorsning inte sker, förväntas alla gener som finns i en kromosom ärvs tillsammans. Således är det maximala antalet länkgrupper i en organism lika med dess haploida kromosomantal.

10. Koppling kan brytas genom upprepad inter-parning av slumpmässigt utvalda växter i segregerande populationer under flera generationer.

3. Faser av koppling av gener:

Det finns två faser av länkning, nämligen kopplingsfas och repulsionsfas. Dessa faser gavs av Bateson och Punett (1905), men de kunde inte ge en korrekt tolkning av dessa termer.

Senare förklarade Morgan (1910) baserat på sina studier med Drosophila att koppling och repulsion är de två aspekterna av samma fenomen som vi kallar länkning. Kopplings- och repulsionsfaserna för länkning beskrivs kortfattat nedan.

Kopplingen mellan två eller flera antingen dominanta (AB) eller recessiva (ab) alleler kallas koppling. Ett bra exempel på koppling rapporterades av Hutchinson i majs för generna som styr färgen på fröet (färgat och färglöst) och formen på fröet (fullt och krympt).

Det färgade fröet styrs av dominant gen (C) och fullt frö styrs också av dominant gen (S). Han korsade växter med färgade fulla frön (CCSS) och färglösa krympta frön (ccss). F1 fröna färgades fulla. När F1 testet korsades med dubbel recessiv förälder erhölls följande resultat istället för förhållandet 1 : 1 : 1 : 1.

Detta indikerar att föräldrakombinationer är högre än rekombinationer, vilket indikerar närvaro av koppling. Föräldrakombinationerna förekom hos 96,4 % istället för 50 % och rekombinationer var 3,6 % istället för 50 % i detta fall. Det finns flera andra fall av koppling hos andra växtarter.

Kopplingen av dominant allel med den för den recessiva allelen (Ab eller aB) är känd som repulsion. Hutchinson observerade också repulsionsfasen av koppling i majs. Han observerade denna typ av koppling när han korsade växter med färgade krympta frön (Cs) med de som hade färglösa fulla frön (cS).

I F1 fröna färgades fulla. Genom att korsa F1 med dubbel recessiv förälder erhölls följande resultat istället för förhållandet 1 : 1 : 1 : 1.

Återigen var föräldrakombinationer högre (97,1%) än förväntat (50%) och rekombinationer var lägre (2,9%) än förväntat (50%). Så i båda fallen tenderar länkade gener att förbli tillsammans under ärftlig överföring. Haldane (1942) använde termerna cis och trans för koppling respektive repulsion.

4. Typer av länkning av gener:

Koppling klassificeras vanligtvis utifrån tre kriterier, nämligen:

(1) Närvaro eller frånvaro av korsning,

(3) Den involverade kromosomen.

Dessa beskrivs kortfattat nedan:

1. Baserat på Crossing Over:

Länkning där korsning inte sker kallas fullständig koppling eller absolut koppling. Med andra ord, när endast föräldratyper erhålls från testkorsavkomman, hänvisar det till fullständig koppling. Ett bra exempel på fullständig koppling är Drosophila han- och silkesfjäril.

(ii) Ofullständig koppling:

Om en viss frekvens av överkorsning också inträffar mellan länkade gener, är det känt som ofullständig länkning. För att uttrycka på annat sätt, när rekombinationer också observeras i testets korsavkomma, förutom föräldrakombinationer, hänvisar det till ofullständig koppling. Ofullständig koppling har observerats i majs, ärter, Drosophila hona och flera andra organismer.

2. Baserat på inblandade gener:

Det hänvisar till koppling antingen mellan dominanta gener eller mellan recessiva gener. Sådan koppling har rapporterats i ärter, majs och flera andra grödor.

Det hänvisar till koppling av vissa dominanta gener med vissa recessiva gener. Denna typ av koppling har också observerats i ärter, majs och flera andra grödor.

3. Baserat på involverad kromosom:

Det hänvisar till koppling av sådana gener som finns i andra än könskromosomer (autosomer).

(ii) X-kromosomal koppling:

Det hänvisar till kopplingen av gener som finns i könskromosomer.

Länkgrupp hänvisar till en grupp gener som finns i en kromosom. Med andra ord, alla de gener som finns i en kromosom utgör en länkgrupp. Antalet länkgrupper är begränsat i varje individ.

Det maximala antalet kopplingsgrupper är lika med det haploida kromosomtalet för en organism. Men i fallet med arter som har olika könskromosomer, är kopplingsgrupperna en mer än det haploida kromosomtalet. Till exempel finns det tio kopplingsgrupper i majs, 7 i trädgårdsärter, 7 i korn, 4 i Drosophila melanogaster och 23 i människa.

Gener tilldelas olika kromosomer av en art med hjälp av deletion, monosomiska och nullisomiska analyser. Kopplingsgrupper tilldelas olika kromosomer på ett linjärt sätt och i samma sekvens som de normalt listar. I allmänhet uppvisar en relativ längd av olika kopplingsgrupper i en art en nära överensstämmelse med den relativa längden på kromosomen i vilken de finns.

6. Detektion av länkning av gener:

Testkors är den vanligaste metoden för att upptäcka kopplingen. I denna metod, F1 heterozygot vid två loci (säg AaBb) korsas till en dubbel recessiv förälder (aabb) och det fenotypiska förhållandet mellan testkorsavkomma undersöks.

Om det fenotypiska förhållandet av testet korsar avkomma visar 1:1:1:1 förhållandet mellan föräldra- och rekombinanta genotyper, indikerar det frånvaro av koppling. Om frekvensen av föräldratyper och rekombinanta typer avviker signifikant från det normala testkorsförhållandet på 1 : 1 : 1 : 1, avslöjar det närvaron av koppling mellan två gener som studeras.

Det finns ett annat sätt att upptäcka närvaron eller frånvaron av koppling. Individen som är heterozygot vid två loci (AaBb) är självpollinerad. Om det finns fullständig dominans vid varje ställe och ingen epistas, kommer segregationsförhållandet för avkomman att vara 9 : 3 : 3 : 1.

Närvaro av koppling antingen i kopplings- eller repulsionsfas kommer att leda till betydande avvikelse från förhållandet 9:3:3:1. De observerade värdenas avvikelse från det förväntade förhållandet testas med hjälp av % 2 test.

7. Länkning och Pleiotropi:

En nära koppling mellan två eller flera tecken kan resultera antingen på grund av länkning eller pleiotropi eller båda. Pleiotropi hänvisar till kontroll av två eller flera karaktärer av en enda gen. En tät koppling mellan två loci kan förväxlas med pleiotropi.

Det enda sättet att skilja mellan länkning och pleiotropi är att ta reda på en korsningsprodukt mellan länkade karaktärer. Inter-parning i segregerande populationer kan bryta en snäv koppling, men en enorm befolkning måste ökas för att ta reda på crossover-produkten. Om en korsningsprodukt inte hittas trots upprepad interparning, verkar det vara fallet med pleiotropi snarare än koppling.

8. Kopplingsbetydelse i växtförädling:

Vid växtförädling har kopplingen inverkan på huvudsakligen tre sätt.

Effekter av länkning på selektionens framsteg, genetiska varianser och genetisk korrelation diskuteras nedan:

(i) Effekt på urval:

Koppling mellan två eller flera loci som kontrollerar olika önskvärda egenskaper är fördelaktigt för en växtförädlare. Eftersom önskvärda alleler kommer att förekomma tillsammans oftare i segregerande population än vad som skulle förväntas med oberoende sortiment.

Således kan uppfödaren enkelt erhålla individer med önskvärda alleler för två karaktärer. Koppling är oönskad när önskvärda och oönskade gener är sammanlänkade. För att få sergeant med önskvärda alleler måste uppfödaren växa större populationer än med olänkade loci.

(ii) Effekt på genetisk varians:

Uppskattningarna av genetiska varianser för kvantitativa egenskaper påverkas i hög grad av närvaron av koppling. Kopplingsojämvikt påverkar genverkan genom att orsaka fördomar i uppskattningarna av genetiska varianser. Koppling i avstötningsfas i segregerande population orsakar en uppåtgående bias i skattningarna av dominansvarians och nedåtgående bias i skattningarna av additiv genetisk varians.

(iii) Effekt på genetisk korrelation:

Koppling har stor inverkan på den genetiska korrelationen. De länkade karaktärerna visar generellt höga värden på genetisk korrelation och även av samarvbarhet. En koppling mellan gener som styr två olika önskvärda karaktärer kommer att hjälpa till att förbättra båda karaktärerna samtidigt. Om det inte finns någon koppling mellan två önskvärda karaktärer måste uppfödaren kombinera sådana karaktärer från två olika källor.


Andra filer och länkar

  • APA
  • Standard
  • Harvard
  • Vancouver
  • Författare
  • BIBTEX
  • RIS

Forskningsoutput : Bidrag till tidskrift › Artikel › peer-review

T1 - Interaktioner mellan SNP-alleler vid flera loci bidrar till hudfärgsskillnader mellan kaukasoida och mongoloida försökspersoner

N2 - Denna studie syftade till att identifiera enkelnukleotidpolymorfism (SNP) alleler vid flera loci associerade med rasskillnader i hudfärg med hjälp av SNP-genotypning. Totalt 122 kaukasier i Toledo, Ohio och 100 mongoloider i Japan genotypades för 20 SNPs i 7 kandidatgener, som kodar för Agouti-signalproteinet (ASIP), tyrosinasrelaterat protein 1 (TYRP1), tyrosinas (TYR), melanokortin 1-receptorn (MC1R), okulokutan albinism II (OCA2), mikroftalmiassocierad transkriptionsfaktor (MITF) och myosin VA (MYO5A). Data användes för att analysera associationer mellan de 20 SNP-allelerna med användning av länkojämvikt (LD). Kombinationer av SNP-alleler testades gemensamt under LD för associationer med rasgrupper genom att utföra ett χ2-test för oberoende. Resultaten visade att SNP-alleler vid flera loci kan betraktas som haplotypen som bidrar till signifikanta skillnader mellan de två befolkningsgrupperna och antyder en hög sannolikhet för LD. Bekräftelse av dessa fynd kräver ytterligare studier med andra etniska grupper för att analysera sambanden mellan SNP-alleler vid flera ställen och hudfärgsvariation bland raser.

AB - Denna studie syftade till att identifiera enkelnukleotidpolymorfism (SNP) alleler vid flera loci associerade med rasskillnader i hudfärg med hjälp av SNP-genotypning. Totalt 122 kaukasier i Toledo, Ohio och 100 mongoloider i Japan genotypades för 20 SNPs i 7 kandidatgener, som kodar för Agouti-signalproteinet (ASIP), tyrosinasrelaterat protein 1 (TYRP1), tyrosinas (TYR), melanokortin 1-receptorn (MC1R), okulokutan albinism II (OCA2), mikroftalmiassocierad transkriptionsfaktor (MITF) och myosin VA (MYO5A). Data användes för att analysera associationer mellan de 20 SNP-allelerna med användning av länkojämvikt (LD). Kombinationer av SNP-alleler testades gemensamt under LD för associationer med rasgrupper genom att utföra ett χ2-test för oberoende. Resultaten visade att SNP-alleler vid flera loci kan betraktas som haplotypen som bidrar till signifikanta skillnader mellan de två befolkningsgrupperna och antyder en hög sannolikhet för LD. Bekräftelse av dessa fynd kräver ytterligare studier med andra etniska grupper för att analysera sambanden mellan SNP-alleler vid flera ställen och hudfärgsvariation bland raser.


Linkage disequilibrium network analysis (LDna) ger en global bild av kromosomala inversioner, lokal anpassning och geografisk struktur

De senaste framstegen inom sekvensering gör att populationsgenomiska data kan genereras för praktiskt taget alla arter. Metoder för att analysera sådana data släpar dock efter förmågan att generera dem, särskilt i icke-modellarter. Länkningsojämvikt (LD, den icke-slumpmässiga associationen av alleler från olika loci) är en mycket känslig indikator på många evolutionära fenomen inklusive kromosomala inversioner, lokal anpassning och geografisk struktur. Här presenterar vi länkningsdisequilibrium network analysis (LDna), som får tillgång till information om LD som delas mellan flera loci genom hela. I LD-nätverk representerar hörn loci och anslutningar mellan hörn representerar LD mellan dem. Vi analyserade sådana nätverk i två testfall: en ny restriktionsplats-associerad DNA-sekvens (RAD-seq) datauppsättning för Anopheles baimaii, en Southeast Asian malariavektor och en välkarakteriserad single nucleotide polymorphism (SNP) datauppsättning från 21 treryggade stickleback-individer. I varje fall identifierade vi lätt fem distinkta LD-nätverkskluster (single-outlier-kluster, SOC), var och en innefattande många loci anslutna med hög LD. I A. baimaii, stödde ytterligare populationsgenetiska analyser slutsatsen att varje SOC motsvarar en stor inversion, i överensstämmelse med tidigare cytologiska studier. För sticklebacks drog vi slutsatsen att varje SOC var associerad med ett distinkt evolutionärt fenomen: två kromosomala inversioner, lokal anpassning, befolkningsdemografisk historia och geografisk struktur. LDna är således ett användbart utforskande verktyg, som kan ge en global översikt av LD associerat med olika evolutionära fenomen och identifiera loci som potentiellt är involverade. LDna kräver ingen länkkarta eller referensgenom, så det är tillämpligt på alla populationsgenomiska datauppsättningar, vilket gör det särskilt värdefullt för icke-modellarter.

Filnamn Beskrivning
men12369-sup-0001-FigureS1.pdfPDF-dokument, 670 KB Fig. S1 Karta över geografiska provtagningsplatser för Anopheles baimaii.
men12369-sup-0002-FigureS2.pdfPDF-dokument, 384,1 KB Fig. S2 Bayesianskt informationskriterium kontra antal grupper för Anopheles baimaii SOCs.
men12369-sup-0003-FigureS3.pdfPDF-dokument, 197,5 KB Fig. S3 Effekten av antal loci på LDna för Anopheles baimaii.
men12369-sup-0004-FigureS4.pdfPDF-dokument, 104,2 KB Fig. S4 Genotypskillnader mellan populationer i Atlanten och Stilla havet för SOCs 618_0.79 och 673_0.76.
men12369-sup-0005-AppendixS1.pdfPDF-dokument, 280,6 KB Bilaga S1 En introduktion till LDna: grunderna. Handledning som ger en introduktion till r-paketet 'LDna'. En kontinuerligt uppdaterad version finns på: https://github.com/petrikemppainen/LDna
men12369-sup-0006-AppendixS2.pdfPDF-dokument, 1,1 MB Bilaga S2 En introduktion till LDna: avancerad. Handledning som förklarar några av de mer avancerade funktionerna i LDna inklusive förslag på hur man hittar lämpliga värden för parametrarna φ och |E|min. En kontinuerligt uppdaterad version finns tillgänglig från: https://github.com/petrikemppainen/LDna
men12369-sup-0007-AppendixS3.pdfPDF-dokument, 839,8 KB Bilaga S3 Linkage disequilibrium network analysis (LDna) på simulerade data
men12369-sup-0008-AppendixS4.pdfPDF-dokument, 65,2 KB Bilaga S4 Anopheles baimaii RAD-sekvenser datauppsättning och tre-spined sticklebacks SNPs datauppsättning förberedelse
men12369-sup-0009-AppendixS5.pdfPDF-dokument, 778,5 KB Bilaga S5 Anopheles baimaii förberedelse av länkkarta

Observera: Utgivaren ansvarar inte för innehållet eller funktionen hos någon stödjande information som tillhandahålls av författarna. Alla frågor (förutom saknat innehåll) ska riktas till motsvarande författare för artikeln.


Titta på videon: Alleles and Genes (Augusti 2022).