Information

16S rRNA och 5S rRNA datamängder

16S rRNA och 5S rRNA datamängder


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Jag behöver 16S rRNA och 5S rRNA (Gammaproteobacteria - E.coli) Sekundära strukturfiler i ct-format.

Jag försökte leta efter dem i olika RNA-databaser, kunde inte hitta någon. Kan någon berätta för mig var man kan hitta sådana datauppsättningar?

Tack på förhand.


RNA STRAND v2.0 - Den sekundära RNA-strukturen och statistisk analysdatabas http://www.rnasoft.ca/strand/

16S rRNA: sekundär strukturfil i ct-format

http://www.rnasoft.ca/strand/show_file.php?format=CT&molecule_ID=CRW_00111&check_out_the=View+the+RNA+sequence+and+secondary+structure+for+molecule+CRW_00111

5S rRNA: sekundär strukturfil i ct-format

http://www.rnasoft.ca/strand/show_file.php?format=CT&molecule_ID=CRW_00573&check_out_the=View+the+RNA+sequence+and+secondary+structure+for+molecule+CRW_00573


Typer av RNA (ribonukleinsyra): 4 typer

Det är det vanligaste RNA:t (70-80% av totalen) som har 3-4 typer. Vissa av dess typer (23S, 28S) är de längsta av alla RNA. Som namnet antyder är rRNA en beståndsdel i ribosomer.

Här ligger den lindad mellan och över proteinmolekylerna. Beroende på deras sedimentationskoefficient är RNA från eukaryoter av fyra typer - 28S, 18S, 5.8S och 5S.

Prokaryota ribosomer har tre typer av RNA: 23S, 16S och 5S. 28S, 5.8S och 5S (23S och 5S i prokaryoter) förekommer i större underenhet av ribosom medan 18S (16 S i prokaryoter) finns i mindre underenhet av ribosom. rRNA transkriberas i form av en längre kedja av 45S i eukaryoter och 30S i prokaryoter.

I eukaryot transkription är arrangemanget i 5′ → 3′ riktning 18S — 5.8S — 28S. Flera metyleringar inträffar före avlägsnande av spacer-RNA. Avlägsnande av spacer-RNA bryter transkriptet i 2-3 delar. 5S transkriberas ofta separat.

(i) rRNA binder proteinmolekyler och ger upphov till ribosomer,

(ii) У-änden av 18S-rRNA (16S i prokaryoter) har nukleotider som är komplementära till de i cap-regionen av mRNA.

(iii) 5S rRNA och omgivande proteinkomplex tillhandahåller bindningsställe för tRNA.

rRNA associeras med specifika proteiner för att bilda ribosomsubenheter. 50S subenhet av prokaryotisk ribosom innehåller 23S rRNA, 5S rRNA och cirka 32 proteinmolekyler. 30S subenhet av prokaryot ribosom har 16S rRNA och cirka 21 proteinmolekyler.

60S subenhet av eukaryot ribosom innehåller 28S rRNA, 5S rRNA, 5.8S rRNA och cirka 50 proteinmolekyler. 40S subenhet av eukaryot ribosom består av 18S rRNA och cirka 33 proteinmolekyler.

Typ # 2. Överför RNA (tRNA):

Det kallas också lösligt eller sRNA. Det finns över 100 typer av tRNA. Transfer-RNA utgör cirka 15 % av det totala RNA:t. tRNA är det minsta RNA:t med 70-85 nukleotider och sedimenteringskoefficienten 4S. Kvävebaserna i flera av dess nukleotider modifieras t.ex. pseudouridin (ψ), dihydrouridin (DHU), inosin (I).

Detta orsakar lindning av det annars enkelsträngade tRNA:t till L-formad form (tredimensionell och shysional, Klug, 1974) eller klöverliknande form (tvådimensionell, Holley, 1965). Ungefär hälften av nukleotiderna är basparade för att producera parade stammar. Fem regioner är oparade eller enkelsträngade — AA-bindningsställe, T ψ С loop, DHU loop, extra arm och antikodon loop.

(i) Antikodon:

Den består av tre kvävebaser för att känna igen och fästa till kodonet av mRNA.

(ii) AA-bindande webbplats:

Den ligger i 3′-änden mittemot antikodonet och har CCA-OH-gruppen. Denna CCA-grupp läggs till efter transkriptionen (5′-änden bär G). Aminosyra eller AA-bindningsställe och antikodon är de två igenkänningsställena för tRNA.

(iii) T ψ C loop:

Den innehåller pseudouridin. Slingan är platsen för att fästa till ribosomer,

(iv) DHU-loop:

Slingan innehåller dihydrouridin. Det är bindningsställe för enzymet aminoacylsyntetas,

(v) Extra arm:

Det är en arm eller loop med variabelt ställe som ligger mellan T ψ C loop och antikodon. Den exakta rollen av extra arm är inte känd.

(i) tRNA är en adaptormolekyl som är avsedd för överföring av aminosyror till ribosomer för syntes av polypeptider. Det finns olika tRNA för olika aminosyror. Vissa aminosyror kan plockas upp av 2-6 tRNA. tRNA bär specifika aminosyror vid särskilda punkter under polypeptidsyntes enligt mRNA-cidons.

Kodon känns igen av antikodoner av tRNA. Specifika aminosyror känns igen av särskilda aktiverande eller aminoacylsyntetasenzymer,

(ii) De håller peptidylkedjor över mRNA.

Typ # 3. Messenger RNA (mRNA):

Det är ett långt RNA som utgör 2-5% av det totala RNA-innehållet. Den ger instruktioner från DNA:t för bildandet av en speciell typ av polypep­tide. Instruktionerna finns i bassekvensen för dess nukleotider. Ii kallas genetisk kod. Tre intilliggande kvävebaser anger en viss aminosyra.

Bildning av polypep­tide sker över ribosomen. mRNA binds till ribosomen. tRNA induceras att föra aminosyror i en viss sekvens enligt sekvensen av kodon som finns över mRNA. mRNA har en metylerad region vid 5′-terminalen.

Den fungerar som ett lock för fäste med ribosom. Cap följs av ett initieringskodon (AUG) antingen omedelbart eller efter en liten icke-kodande region. Sedan finns det en kodande region följt av termineringskodon (UAA, UAG eller UGA). Det finns då en liten icke-kodande region och poly A-område vid 3'-terminalen (fig. 9.24). Ett mRNA kan endast specificera en enda polypeptid eller ett antal av dem.

Den förra kallas monocistronisk medan den senare är känd som polycistronisk. Polycistroniskt mRNA är vanligare i prokaryoter. Eukaryot mRNA är vanligtvis monocistroniskt.

Livstiden för mRNA varierar också. I vissa lägre former är det från några minuter till några timmar. Å andra sidan verkar mRNA av högre former ha en lång livslängd. Det är flera dagar vid unga röda blodkroppar som fortsätter att bilda hemoglobin även när kärnan har degenererats.

(i) mRNA bär kodad information för översättning till polypeptidforma­tion.

(ii) Genom omvänd transkription kan det bilda kompakta gener som används inom genteknik. Fenomenet förekommer även i naturen och har tillfört vissa gener i arvsmassan,


Egenskaper hos de nukleära (18S, 5.8S, 28S och 5S) och mitokondriella (12S och 16S) rRNA-generna i Apis mellifera (Insecta: Hymenoptera): struktur, organisation och retrotransponerbara element

Återanvändning av denna artikel är tillåten i enlighet med Creative Commons Deed, Attribution 2·5, som inte tillåter kommersiellt utnyttjande.

Abstrakt

Som ett medföljande manuskript till frisättningen av honungsbiets genom, rapporterar vi hela sekvensen av de nukleära (18S, 5.8S, 28S och 5S) och mitokondriella (12S och 16S) ribosomala RNA (rRNA)-kodande gensekvenserna (rDNA) och relaterade internt och externt transkriberade spacerregioner av Apis mellifera (Insecta: Hymenoptera: Apocrita). Dessutom förutsäger vi sekundära strukturer för de mogna rRNA-molekylerna baserat på jämförande sekvensanalyser med andra artropod-taxa och hänvisning till nyligen publicerade kristallstrukturer av ribosomen. I allmänhet överensstämmer strukturerna av honungsbi-rRNA:er med tidigare förutspådda rRNA-modeller från andra leddjur i kärnregioner av rRNA, med liten ytterligare expansion i icke-konserverade regioner. Våra multipla sekvensanpassningar görs tillgängliga på flera offentliga databaser och ger en preliminär etablering av en global strukturell modell av alla rRNA från insekterna. Dessutom tillhandahåller vi konserverade sträckor av sekvenser som flankerar rDNA-citronerna som omfattar de externt transkriberade spacerregionerna (ETS) och en del av den intergena spacerregionen (IGS), inklusive flera repetitiva motiv. Slutligen rapporterar vi förekomsten av retrotransposition i den nukleära stora subenheten rDNA, eftersom R2-element finns i de vanliga insättningspunkterna som finns i andra leddjur. Intressant nog upptäcktes inte funktionella R1-element som vanligtvis finns i genomen av insekter i honungsbiets rRNA-gener. De omvända transkriptasprodukterna av R2-elementen härleds från deras förmodade öppna läsramar och strukturellt anpassade med de från en annan hymenopteraninsekt, juvelgetingen Nasonia (Pteromalidae). Sträckor av konserverade aminosyror delade mellan Apis och Nasonia illustreras och fungerar som potentiella platser för primerdesign, eftersom målamplikoner inom dessa R2-element kan fungera som nya fylogenetiska markörer för Hymenoptera. Med tanke på det förestående slutförandet av sekvenseringen av Nasonia genomet förväntar vi oss att vår rapport så småningom kommer att belysa utvecklingen av hymenopteran-genomet inom högre insekter, särskilt när det gäller det relativa underhållet av konserverade rDNA-gener, relaterade variabla spacerregioner och retrotransposerbara element.


MångfaldSeq

Motivering: Nästa generations sekvensering, och särskilt 16S ribosomalt RNA (16S rRNA) gensekvensering, är en kraftfull teknik för identifiering och kvantifiering av mikrober som är bosatta i människor, gemensamt känd som den mänskliga mikrobiotan. När bakterieöverflöd väl har profilerats via 16S rRNA-gensekvensering och sammanfattats i en räkningsdatauppsättning, ger diversitetsindex värdefulla matematiska verktyg för att undersöka sammansättningen av den mänskliga mikrobiotan. I korthet kan alfadiversitet användas för att beskriva den taxonomiska komplexiteten hos ett enstaka prov, medan betadiversitet kan användas för att identifiera skillnader mellan prover.

Resultat: DiversitySeq-paketet implementerar i ett enhetligt ramverk hela panelen av mångfaldsindex som granskats i (Finotello et al., 2016), vilket möjliggör bedömning av mångfald från räkningsdata. DiversitySeq implementerar också en simulator för generering av syntetiska räkningsdataset från 16S rRNA-gensekvensering. Förutom 16S rRNA-gensekvenseringsdata, kan detta paket användas med andra datamängder med liknande egenskaper, såsom 5S rRNA-gensekvensering, miljömetagenomik eller, mer allmänt, vilken typ av matris som helst där räkningar beräknas för olika icke-överlappande klasser.

Citat

Om du använder programvaran för din forskning, vänligen hänvisa till det ursprungliga DiversitySeq-dokumentet med citatet nedan.

Finotello F, Mastrorilli E, Di Camillo B. Mätning av mångfalden av den mänskliga mikrobiotan med riktad nästa generations sekvensering. Genomgångar inom bioinformatik. 2018 juli 19(4):679-692.


Experimentella procedurer

RRNA sekundär struktur förutsägelse

De sammansatta honungsbiets rDNA-sekvenser integrerades i rRNA-modellerna för leddjur (nl 18S, 5.8S, 28S, 5S rRNAs mt 12S och 16S rRNAs) förutspådde och kompilerades på Comparative RNA-webbplatsen (CRW Site) (http://www.rna). .icmb.utexas.edu) och jRNA-webbplatsen (http://hymenoptera.tamu.edu/rna). Helixnumrering följer E coli system tillgängligt på CRW-webbplatsen. Information som hänför sig till anpassningen av RNA-sekvenser med hjälp av sekundära strukturmodeller, inklusive samvariationsanalys, termodynamiska algoritmer och tvetydigt justerade regioner, finns tillgänglig på båda webbplatserna. Sekundära strukturmodelldiagram genererades med programmet XRNA (utvecklat av B. Weiser och H. Noller, University of Santa Cruz, CA). Baspars frekvenstabeller och strukturdiagram finns tillgängliga på CRW-webbplatsen. Skillnader mellan våra tidigare leddjurs rRNA-strukturer och de som presenteras här illustreras på jRNA-webbplatsen.

IGS-sekvensjämförelse

Konserverade rDNA-sekvenser som flankerar den 3'-terminala änden av 28S rRNA och 5'-terminala änden av 18S rRNA användes för Blast (Altschul et al., 1990) sökningar i Honey Bee Genome Database (http://racerx00.tamu.edu/bee_resources.html). Alla alternativ i assembly 3 undersöktes, inklusive otilldelade grupper (bin 0), men nästan utan undantag låg alla Blast-resultat inom de upprepade läsningarna av assembly 3. Standardinställningar för Blast användes, förutom att vi inte filtrerade efter låg komplexitet. Resultaten sågs som master-slave med identiteter och visades med 500 beskrivningar och justeringar. Vi använde master-slave för att identifiera läsningar som används i efterföljande Blast-sökningar för att utöka sekvensen. Endast sekvensskillnader som upprepades fyra eller flera gånger rapporterades. Unika och sällsynta SNP-skillnader rapporterades inte. Sekvenser justerades sedan manuellt i SeAl v2.0a11 (Rambaut, 1996). Endast en anpassning gjordes för 5′-änden av IGS, medan tre anpassningar gjordes för 3′-änden av IGS- och ETS-regionerna. Inriktningar finns tillgängliga på jRNA-webbplatsen.

R1- och R2-elementförutsägelse rDNA-sekvenser som spänner över de konserverade insättningsställena för R1- och R2-element i leddjur kompilerades med användning av Blast-strategin som diskuterats ovan. Resultat innehållande icke-rDNA-sekvenser infogade antingen vid 5'- eller 3'-änden av rDNA-insättningsstället exporterades till SeAl för manuell inriktning. Ytterligare Blast-sökningar utfördes med hjälp av konserverade regioner av justerade sekvenser, vilket gjorde att vi kunde "gå" över R-elementen från både 5'- och 3'-ändarna. Efter fullbordandet av R2-elementen översatte vi konsensussekvensen i sex ramar för att bestämma ORF för RT-protein. Detta möjliggjorde identifiering av förmodade start- och stoppkodon. Nukleotid- och aminosyrasekvenser av honungsbiets R2-element anpassades till R2-B-elementet i juvelgetingen, Nasonia sp. ( GenBank anslutningsnummer AF090145). Justering utfördes manuellt med hänvisning till den publicerade strukturen av RT-proteiner från leddjur (Burke et al., 1999 ).


Abstrakt

Allmänt tillgängliga sekvensdatabaser för den lilla subenheten ribosomala RNA-genen, även känd som 16S rRNA i bakterier och arkéer, växer snabbt, och antalet poster överstiger för närvarande 4 miljoner. Ett enhetligt ramverk för klassificering och nomenklatur för alla bakterier och arkéer finns dock ännu inte. I denna analysartikel föreslår vi rationella taxonomiska gränser för höga taxa av bakterier och archaea på basis av 16S rRNA-gensekvensidentiteter och föreslår en motivering för omskrivningen av oodlade taxa som är kompatibel med taxonomin för odlade bakterier och archaea. Våra analyser visar att endast nästan kompletta 16S rRNA-sekvenser ger korrekta mått på taxonomisk mångfald. Dessutom tyder våra analyser på att de flesta av 16S rRNA-sekvenserna av de höga taxa kommer att upptäckas i miljöundersökningar i slutet av det nuvarande decenniet.


Metoder

Bakteriestammar och tillväxtförhållanden

Infektiös, lågpassage B. burgdorferi N40 tillhandahölls av Dr. L. Bockenstedt (Yale University, New Haven, CT). Icke-infektiös högpassage B. burgdorferi B31 tillhandahölls av Dr. J. Radolf (University of Connecticut Health Center, Farmington, CT). B. burgdorferi 297 (klon BbAH130) tillhandahölls av Dr. M. Norgard (University of Texas Southwestern Medical Center, Dallas, TX). Denna infektiösa vildtypsstam var föräldrastammen för ΔrelBbu B. burgdorferi [19]. B. burgdorferi stammar hölls vid 34ଌ i BSK-H (Sigma Chemical Co., St. Louis, MO) kompletterat med 6% kaninserum (Sigma) (komplett BSK-H) om inte annat anges. Cellantal bestämdes med mörkfältsmikroskopi som tidigare beskrivits [17].

DNA-isolering och PCR

DNA från B. burgdorferi isolerades med användning av High Pure PCR Template Preparation Kit (Roche Diagnostics Corporation, Indianapolis, IN). PCR-amplifiering utfördes med användning av Taq DNA-polymeras (Sibgene, Derwood, MD). Primers som används för PCR listas i Tabell ​ Tabell1. 1 . PCR utfördes i en slutlig volym på 10 μl med användning av en Idaho Technology RapidCycler (Idaho Technology Inc., Salt Lake City, UT). Amplifieringsprogrammet bestod av denaturering vid 94ଌ under 15 sekunder följt av 37 cykler av 94ଌ i 10 sek-53ଌ under 10 sek-72ଌ under 50 sek (för tRNA Ile-regionen) - för tRNA Ile-regionen min (för tRNA Ile -23S rRNA-region) och slutlig förlängning vid 72ଌ under 30 sek.

RNA-isolering och RT-PCR

RNA från B. burgdorferi isolerades med TRIzol Reagent (Invitrogen Life technology, Carlsbad, CA.) enligt tillverkarens rekommendationer och behandlades med RQ1 RNase-fritt DNase (Promega Corporation, Madison, WI) för att eliminera DNA-kontamination. Primers som används för RT-PCR är listade i Tabell ​ Tabell1 1 och deras placering visas i Figur ​ Figur1. 1 . RT-PCR utfördes med hjälp av Access RT-PCR-systemet (Promega) i RapidCycler med följande villkor: omvänd transkription vid 48ଌ i 45 minuter, denaturering vid 94ଌ i 2 minuter följt av 35 cykler av 94ଌ för 10 sek-52ଌ (5S rRNA, tRNA Ile, tRNA Ala, tRNA Ala - tRNA Ile, tRNA Ile - 23S rRNA, 23S rRNA - 5S rRNA och 5S rRNA - 23S rRNA)0 eller 06SrRNA intergenic 23S rRNA och 16S rRNA-tRNA Ala intergen region) i 10 sek-68ଌ i 50 sek (alla rRNA- och tRNA-gener och deras intergena regioner utom tRNA Ile -23S rRNA och 23S rRNA- 5S mins-regioner rRNA) eller intergena (tRNA Ile -23S rRNA och 23S rRNA-5S rRNA intergena regioner) och slutlig förlängning vid 68ଌ under 5 min.

Isolering och mätning av totalt DNA och totalt RNA

B. burgdorferi B31 odlades från 3 × 10 4 celler/ml i BSK-H med eller utan 6% kaninserum vid 34ଌ, eller i BSK-H med 6% kaninserum vid 23ଌ. B. burgdorferi från 50-70 ml kulturer uppsamlades genom centrifugering, tvättades två gånger med PBS, pH 7,5, återsuspenderades i 900 ± 003 bcl PBS och blandades med 100 ± 003 bcl 50 % triklorättiksyra vid 0,000 b0C. Efter minst 15 minuter vid 0ଌ samlades cellerna på glasfiberfilter utan bindemedel (Millipore, Irland, 25 mm diameter, 2,7μm partikelpenetration) och tvättades med 20 ml 5% triklorättiksyra. Filter innehållande de infångade cellerna veks, placerades i botten av ett provrör (13 x 000d7 100 mm) och täcktes med 2 ml 5% triklorättiksyra. Rören förslöts och placerades i ett 90°-95ଌ vattenbad under 20 min. Efter kylning sedimenterades glasfilter genom centrifugering och DNA- och RNA-koncentrationer bestämdes kolorimetriskt på alikvoter av supernatantvätskan med difenylamin (för DNA) eller orcinol (för RNA) analyser [22,23]. Varje experiment upprepades två gånger med två tekniska replikat. Data presenteras som medel ± SE.

Mätning av totalt protein

B. burgdorferi B31 odlades enligt ovan. B. burgdorferi celler från 1,5 ml kulturer uppsamlades genom centrifugering, tvättades två gånger med PBS, pH 7,5, för att avlägsna eventuella vidhäftande proteiner härrörande från odlingsmediet, återsuspenderades i 50 ± 003 bcl lysbuffert innehållande 50 mM Tris-HCl, pH 7,5 0,15 M NaCl 1 mM EDTA 0,1 % Triton X-100 och inkuberades på is i 10 minuter. Totalt protein mättes med hjälp av Bradford-metoden [47] (Bio-Rad Protein Assay, Bio-Rad Laboratories) med en bovint serumalbuminstandard. Varje experiment upprepades två gånger med två tekniska replikat. Data presenteras som medel ± SE.

Detektion av (p)ppGpp

(p)ppGpp extraherades från [32P]-märkt B. burgdorferi och kromatograferades på cellulosa PEI-TLC-plattor (Selecto Scientific, Suwanee, GA) som tidigare beskrivits [17]. Plattorna lufttorkades, exponerades för fosforskärm (Molecular Dynamics, Sunnyvale, CA) i 12 till 24 timmar och skannades med en Storm 860 PhosphorImager (Molecular Dynamics).

Omvänd transkription och realtids-PCR

cDNA-syntes utfördes med 1 μg av totalt B. burgdorferi RNA med slumpmässiga primrar p(dN)6 (Roche) och aviärt myeloblastosvirus omvänt transkriptas (Promega) enligt tillverkarens rekommendationer. Att kvantifiera flaB mRNA och 16S och 23S rRNA, de resulterande cDNA:n amplifierades och analyserades på ett LightCycler Real-time PCR instrument (Roche) med användning av LightCycler Master SYBR Green I Mixture (Roche). PCR utfördes i glaskapillärer i en slutlig volym på 20 μl som tidigare beskrivits [18]. Amplifieringsprogrammet bestod av denaturering vid 95ଌ i 2 minuter följt av 35 cykler av 95ଌ i 1s-55ଌ (flaB och 23S rRNA) eller 57ଌ (16S rRNA) i 5 s-72ଌ under 10 s. PCR-reaktioner utfördes minst två gånger för varje RNA-isolat. RNA isolerat från minst två oberoende kulturer användes för experiment med temperaturförändringar. PCR-reaktioner utfördes 4 gånger för varje RNA-isolat i experiment med relBbumutant, och RNA isolerades från en kultur för dag 2, 4 och 5, och från två oberoende kulturer för dag 3 och 6. Resultat med två olika primeruppsättningar för 16S rRNA-kvantifiering (Tabell ​ (Tabell 1, 1, Figur & #x200B Figur1) 1 ) var liknande och kombinerades därför. Genomiskt DNA från 103-106 celler av motsvarande B. burgdorferi stam användes som standard för att uppskatta mängden cDNA för gener studerade i varje realtids-PCR. Prover normaliserades till mängden cDNA av konstitutivt uttryckt flaB. Relativa rRNA-uttrycksnivåer (kopierar rRNA/kopior flaBrRNA-arter (16S eller 23S rRNA). Eftersom flaB mRNA-uttryck är konstitutivt [48,49], och flaB är belägen på kromosomen distalt till replikationsursprunget [50] vilket säkerställer att det bara finns en kopia av flaB/borriell cell, normalisering med flaB är tillräcklig. I RT RT-PCR-experiment med olika temperaturer normaliserades dessa uttrycksnivåer ytterligare till uttryck under tillväxt i BSK-H vid 23ଌ och 106 celler/ml. I experiment med ΔrelBbu, normaliserades expressionsnivåerna till uttryck av vildtyp vid dag två - den första dagen då RNA samlades in, separat för 16S och 23S rRNA. Relativt rRNA-uttryck för varje rRNA-art presenteras som medelvärde ± SE.

Statistiska metoder

Skillnader i medelnivåer av rRNA-transkription, cellantal och mängder av totalt DNA, RNA och protein analyserades statistiskt med användning av en envägsanalys av varians med ett Tukey-Kramer multipla jämförelser efter test. Skillnader ansågs signifikanta om P < 0,05.


Ribosomalt RNA

Våra redaktörer kommer att granska vad du har skickat in och avgöra om artikeln ska ändras.

Ribosomalt RNA (rRNA), molekyl i celler som utgör en del av den proteinsyntetiserande organellen som kallas en ribosom och som exporteras till cytoplasman för att hjälpa till att översätta informationen i budbärar-RNA (mRNA) till protein. De tre huvudtyperna av RNA som förekommer i celler är rRNA, mRNA och transfer-RNA (tRNA).

Molekyler av rRNA syntetiseras i en specialiserad region av cellkärnan som kallas nucleolus, som visas som ett tätt område i kärnan och innehåller generna som kodar för rRNA. De kodade rRNA:n skiljer sig i storlek och särskiljs som antingen stora eller små. Varje ribosom innehåller minst ett stort rRNA och minst ett litet rRNA. I nukleolen kombineras de stora och små rRNA:erna med ribosomala proteiner för att bilda de stora och små subenheterna av ribosomen (t.ex. 50S respektive 30S i bakterier). (Dessa subenheter är i allmänhet namngivna efter deras sedimentationshastighet, mätt i Svedberg-enheter [S], i ett centrifugalfält.) Ribosomala proteiner syntetiseras i cytoplasman och transporteras till kärnan för submontering i nukleolen. Subenheterna återförs sedan till cytoplasman för slutlig montering.

rRNA bildar omfattande sekundära strukturer och spelar en aktiv roll i att känna igen konserverade delar av mRNA och tRNA. I eukaryoter (organismer som har en tydligt definierad kärna) kan allt från 50 till 5 000 uppsättningar rRNA-gener och så många som 10 miljoner ribosomer finnas i en enda cell. Däremot har prokaryoter (organismer som saknar kärna) i allmänhet färre uppsättningar rRNA-gener och ribosomer per cell. Till exempel i bakterien Escherichia coli, sju kopior av rRNA-generna syntetiserar cirka 15 000 ribosomer per cell.

Det finns radikala skillnader mellan prokaryoter i domänerna Archaea och Bacteria. Dessa skillnader, förutom att vara uppenbara i sammansättningen av lipider, cellväggar och utnyttjande av olika metabola vägar, återspeglas också i rRNA-sekvenser. rRNA från bakterier och Archaea är lika olika från varandra som de är från eukaryot rRNA. Denna information är viktig för att förstå det evolutionära ursprunget för dessa organismer, eftersom det tyder på att bakterie- och arkeallinjerna avvek från en gemensam prekursor något innan eukaryota celler utvecklades.

I bakterier är den gen som har visat sig vara den mest informativa för att undersöka evolutionär släktskap 16S rRNA, en sekvens av DNA som kodar för RNA-komponenten i den mindre subenheten av den bakteriella ribosomen. De 16S rRNA genen finns i alla bakterier, och en besläktad form förekommer i alla celler, inklusive eukaryoternas. Analys av 16S rRNA sekvenser från många organismer har avslöjat att vissa delar av molekylen genomgår snabba genetiska förändringar och därigenom särskiljer olika arter inom samma släkte. Andra positioner förändras mycket långsamt, vilket gör att mycket bredare taxonomiska nivåer kan särskiljas.

Andra evolutionära implikationer av rRNA härrör från dess förmåga att katalysera peptidyltransferasreaktionen under proteinsyntes. Katalysatorer är självbefrämjande - de underlättar reaktioner utan att själva förbrukas. Således misstänks rRNA, i att fungera både som ett förråd av nukleinsyror och som en katalysator, ha spelat en nyckelroll i den tidiga utvecklingen av livet på jorden.

The Editors of Encyclopaedia Britannica Den här artikeln har senast reviderats och uppdaterats av Kara Rogers, Senior Editor.


BIOKEMI, BIOMEDICIN & LÄKEMEDEL

1) Den genetiska koden är en trippel nukleotidsekvens i mRNA:t som bestämmer proteinets aminosyrasekvens. Följande är egenskaperna hos aminosyra UTOM:
a) Specificitet
b) Universal
c) Överflödig
d) Överlappande

2) Aminoacyl t-RNA-syntetas katalyserar tillsatsen av aminosyror till den växande polypeptidkedjan och det kräver fyra högenergifosfater. Dom är
a) 4 ATP
b) 4 GTP
c) 2 ATP, 2 GTP
d) 1 ATP, 3 GTP

3) Ribosomen har tre bindningsställen (A, P, E) för tRNA-molekyler. Vilket av följande är INTE det korrekta påståendet om dessa webbplatser?
a) A-stället binder till ett inkommande aminoacyl-tRNA
b) P-ställets kodon är upptaget av peptidyl-tRNA (en aminosyra som innehåller tRNA)
c) E-stället är upptaget av tomt t-RNA när det lämnar ribosomen
d) Inget av ovanstående

4) Shine Dalgarno-sekvensen är belägen sex till tio baser uppströms om initieringskodonet för mRNA. Den består av
a) Purinrik nukleotidsekvens
b) Pyrimidinrik nukleotidsekvens
c) Uracil-innehållande nukleotidsekvens
d) Inget av ovanstående

5) Vilket av följande är initieringskodonet?
a) UGA
b) AUG
c) CUA
d) GAA

6) I prokaryoter är initieringsfaktorerna (IF-1, IF-2 och IF-3) involverade i initieringen av proteinsyntes. Vilken av följande faktorer underlättar initieringskodonet?
a) IF-1
b) IF-2
c) IF-3
d) Allt ovanstående

7) EF-Tu och EF-T binder till lämpligt tRNA till kodonet på de tomma platserna. Dessa faktorer är inblandade i. av översättning.
a) Initiering
b) Förlängning
c) Uppsägning
d) Trimning

8) Kloramfenikol är en klass av antibiotika som hämmar proteinsyntesen genom att hämma
a) Aminoacyltransferas
b) Peptidyltransferas
c) Initieringsfaktor 1
d) Förlängningsfaktor

9) Puromycin, en strukturell analog av tRNA, är en klass av antibiotika som hämmar proteinsyntesen genom att
a) hämmande av aminoacyltransferas
b) inhibering av peptidyltransferas
c) tidig avslutning av peptidkedjan
d) Inget av ovanstående

10) Tetracyklin är en klass av antibiotika som hämmar proteinsyntesen genom att blockera
a) bindning av initieringsfaktorer
b) bindning av förlängningsfaktorer till tRNA
c) bindning av aminoacyl-tRNA till mRNA-ribosomkomplexet
d) Inget av ovanstående

11) Vilket av följande är inte sant om genetisk kod?
a) Det är degenererat
b) Det är entydigt
c) Det är nästan universellt
d) Det är överlappande
12) Vilket av följande är inte den komponent av ribosomalt RNA som finns i prokaryoter?
a) 23S rRNA
b) 18S rRNA
c) 16S rRNA
d) 5S rRNA


13) Vilket av följande är inte den komponent av ribosomalt RNA som finns i eukaryoter?
a) 28S rRNA
b) 18S rRNA
c) 16S rRNA
d) 5S rRNA

14) Vilket av följande är platsen för bindning av aminosyra i tRNA-molekylen?
a) 5' ände
b) 3' ände
c) anti-kodon loop
d) Inget av ovanstående

15) Laktosoperon är en uppsättning laktosmetaboliserande gen som uttrycks och regleras samkoordinerat. Följande är inte genen för laktosoperon:
a) LacX
b) LacZ
c) LacY
d) LacA

16) Vilket av följande är inte den positiva regulatorn av Lac operon
a) Allolaktos
b) Glukos
c) Laktos
d) cAMP

17) Vilket av följande är det FALSKA uttalandet av laktosoperonen
a) Lac Operon aktiveras när glukos saknas
b) Lac Operon aktiveras när laktos finns
c) Lac Operon aktiveras när glukos saknas och laktos är närvarande
d) Lac Operon aktiveras när glukos är närvarande och laktos saknas

18) Vilken av följande gen kodar för repressorprotein av lac-operon
a) Lacl
b) LacZ
c) LacY
d) LacA

19) LacZ kodar för ett protein
a) genomsyra
b) beta-galaktosidas
c) transacetylas
d) repressorprotein

20) Adenylylcyklas är ett enzym som är aktivt i frånvaro av
a) Allolaktos
b) Glukos
c) Laktos
d) cAMP

21) Peptidyltransferasenzym finns i
a) Budbärar-RNA
b) Överför RNA
c) Ribosomalt RNA
d) Litet nukleärt RNA



Frågor

Studera materialet i detta avsnitt och skriv sedan ut svaren på dessa frågor. Klicka inte bara på svaren och skriv ut dem. Detta kommer inte att testa din förståelse av denna handledning.

  1. Beskriv bakteriella ribosomer. (ans)
  2. Ange ribosomernas funktion. (ans)
  3. Definiera översättning. (ans)
  4. Ange i allmän mening hur antibiotika som neomycin, tetracyklin, doxycyklin, erytromycin och azitromycin påverkar bakterietillväxt. (ans)
  5. Tetracyklinerna (tetracyklin, doxycyklin) är antibiotika som binder till 30S-subenheten av bakteriella ribosomer. Makroliderna (erytromycin, azitromycin, klaritromycin) är antibiotika som binder till 50S-subenheten av bakteriella ribosomer. Varför är dessa antibiotika inte effektiva för svamp-, protozo- eller virusinfektioner? (ans)
  6. Flera val(ans)


Titta på videon: Using a 16S rRNA Sequence to Identify a Bacterial Isolate (Juli 2022).


Kommentarer:

  1. Feramar

    Tenn!

  2. Erwyn

    Jag skulle vilja ha det här

  3. Dobei

    Enligt min mening är detta redan diskuterat

  4. Doubei

    I think you are wrong. I offer to discuss it. Write to me in PM, we'll talk.

  5. Adwin

    Thank you so much for posting it in good quality ....... I've been waiting so much ......

  6. Devan

    Mellan oss som talade gjorde jag det inte.



Skriv ett meddelande