Information

Vanliga fläckar för svampmikroskopi

Vanliga fläckar för svampmikroskopi


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Jag skaffade nyligen ett ljusmikroskop för att börja utforska mikroskopiska egenskaper hos svampar (och för att utforska mikroskopi i allmänhet).

Vilka är några av de vanligaste och lättillgängliga fläckarna som används när man förbereder objektglas för svamp? Vilka situationer är de bäst för?


Labbrapport #1 Mikroskopi och färgning

Abstrakt
Det primära fokuset för detta labb låg på mikroskopi och enkla fläckar. Mikroskopi som användes var förstoring, förberedelse av objektglas och färgning. Metylenblått, en enkel färgningskomponent, användes för att färga objektglaset för att se de olika mikroberna och bestämma deras cellform.

Introduktion
Syftet med detta labb var att bli bekant med ljusmikroskopet och hur man exakt använder det för att se prover. Färgningsmetoden användes för att observera olika cellulära former. Övningarna som utfördes med hjälp av ljusmikroskopet var: förstoring, förberedelse av objektglas och färgning. Fläcken som användes i detta labb var metylenblått, en vanlig enkel fläck.

De olika typerna av exemplar som används experiment inkluderar: En bokstav E som ett provobjektglas och ett prov av bakterier skrapat från insidan av en individs mun med hjälp av en tandpetare.
En hypotes uppstod under detta experiment rörande bakterieprovet. Till exempel kommer bakterierna att vara runda till formen och nukleaset om något kommer att ha en annan färg blå än resten av bakterierna eftersom mängden protein som anges i nukleaset kommer att vara starkare och därför hålla en mörkare färg.

Material och metoder
(Se paketet för material och metoder listade under 1.1,1.2,1.3 övningar)

Resultat
Övning 1.1 (a) bokstaven E användes som provobjektglas. Bokstaven E var synlig vid förstoring 4X med 5 mm synfält, 10X med 2 mm synfält och 40X utan synfält. Övning 1.2 gick ut på att mäta bokstaven E med ögon- och scenmätningar. Övning 1.3 Ett prov av bakterier som svabbades från insidan av munnen med en tandpetare användes och färgades med metylenblått. Bakterierna var grupperade i form med två olika nyanser av blått, nukleas var den mörkare färgen. Figur 1 (övning 1.1)


Cellfärgningstekniker och beredning beror på vilken typ av färgning och analys som används. En eller flera av följande procedurer kan krävas för att förbereda ett prov:

  • Permeabilisering - behandling av celler, vanligtvis med ett milt ytaktivt ämne, som löser upp cellmembran för att tillåta större färgämnesmolekyler att komma in i cellen.
  • Fixering - tjänar till att "fixera" eller bevara cell- eller vävnadsmorfologi genom beredningsprocessen. Denna process kan innefatta flera steg, men de flesta fixeringsprocedurer innebär att man lägger till ett kemiskt fixeringsmedel som skapar kemiska bindningar mellan proteiner för att öka deras styvhet. Vanliga fixativ inkluderar formaldehyd, etanol, metanol och/eller pikrinsyra.
  • Montering - innebär att prover fästs på ett objektglas för observation och analys. Celler kan antingen odlas direkt på objektglaset eller så kan lösa celler appliceras på ett objektglas med en steril teknik. Tunna sektioner (skivor) av material såsom vävnad kan också appliceras på ett objektglas för observation.
  • Färgning - applicering av färgning på ett prov för att färga celler, vävnader, komponenter eller metaboliska processer. Denna process kan innebära nedsänkning av provet (före eller efter fixering eller montering) i en färglösning och sedan sköljning och observation av provet under ett mikroskop. Vissa färgämnen kräver användning av ett betsmedel, som är en kemisk förening som reagerar med fläcken för att bilda en olöslig, färgad fällning. Den betande fläcken kommer att finnas kvar på/i provet när överflödig färglösning tvättas bort.

Särskilda tester

Frysta sektioner

Ibland under ett kirurgiskt ingrepp är det nödvändigt att be patologen om snabb diagnos för att planera behandlingen. Detta är nästan alltid för att möjliggöra bedömning av resektionsmarginalerna för att kontrollera fullständigheten av excision i de fall där skadans omfattning inte är lätt att se kliniskt och när större rekonstruktion kommer att krävas vid operationstillfället. Ibland på kritiska anatomiska platser kan en speciell teknik för kontroll av fryst snitt (Mohs-kirurgi) användas.

Förutom i mycket sällsynta fall anses det generellt inte vara en god praxis att ställa en primär diagnos av malignitet på ett fruset avsnitt. Detta gäller särskilt i fallet med pigmenterade lesioner, där diagnosen, även på idealiskt bearbetade paraffinsnitt, kan vara extremt svår.

Frysta sektioner bör diskuteras med patologen innan operationen påbörjas för att säkerställa att både patologen och en teknolog kommer att vara tillgängliga vid den tidpunkt som krävs.

Vävnaden snabbfrysas t–20 t–70C i en kall vätska som flytande kväve. Den frusna vävnaden är tillräckligt solid för att sektioneras med en mikrotom i en kryostat och sektionerna plockas sedan upp på en glasskiva redo för färgning.

Sektionerna är tjockare än vanliga paraffinsnitt och vävnadskvaliteten är inte lika hög. Av denna anledning bearbetas alltid vävnad som tagits för ett fryst snitt för paraffinsnitt för att kontrollera rapporten, och ibland hittas särdrag i dessa sektioner som inte var uppenbara (eller inte fanns) i den frysta sektionen.

Immunhistokemi (immunocytokemi)

Immunhistokemi är ett mycket kraftfullt verktyg för att identifiera celler och substanser i vävnadssnitt genom att använda specificiteten hos antigen-antikroppsbindning. Kommersiellt tillgängliga antikroppar framkallas mot speciella cellulära beståndsdelar och dessa, när de appliceras i lösning på en vävnadssektion, kommer att binda specifikt till dessa beståndsdelar. Den bundna antikroppen är länkad av ytterligare ett steg med en färgad indikator som kan ses i mikroskopet ('färgning').

Trots specificiteten hos antigen-antikroppsbindning är immunhistokemi inte en specifik vetenskap. Färgning är i allmänhet tillförlitlig och reproducerbar, särskilt med användning av de vanligaste markörerna, för vilka det nu finns stor erfarenhet, men avvikande färgning kan och förekommer (ibland relaterat till varierande fixering). Därför bör en enda positiv eller negativ reaktion inte åsidosätta de grundläggande histologiska fynden i ett fall. Immunfärgning bör i allmänhet involvera en panel av olika antikroppar för att minimera effekten av ett enda avvikande resultat, och panelen som begärs bör utformas för att svara på en viss fråga relaterad till differentialdiagnosen baserat på H&E-utseendet.

De huvudsakliga användningsområdena för immunhistokemi är att identifiera en dåligt differentierad malign tumör som ett karcinom, sarkom, melanom eller lymfom för att identifiera knapphändiga tumörceller eller tumör som är skymd av inflammation (till exempel att bedöma djupet av ett kraftigt inflammerat melanom) eller för att identifiera en tät lymfoid infiltrera som lymfom genom att påvisa klonalitet av uttryck av lätta immunglobuliner. Immunhistokemi har liten roll i diagnosen av inflammatoriska hudåkommor.

De vanligaste antikropparna är de som framkallats mot cytoskelettproteiner ('mellanliggande filament') såsom cytokeratin, desmin och aktin, och markörer för melanocytisk härstamning eller differentiering. Det finns också många markörer för lymfoid differentiering. Hundratals markörer är nu tillgängliga (med varierande användbarhet!). Ett urval av de mest använda ges nedan. Se Resurser för en länk till en omfattande lista.

Antikroppsmål Antikropp Identifierar
Mellanliggande filament Cytokeratin
Desmin
Actin
Epitelial differentiering
Muskeldifferentiering
Muskel (mycket mindre specifik)
Melanocytisk differentiering S100
HMB-45
Melan-A
Känslig, men ospecifik
Mer specifik, men inte känslig
Mer specifik, känslig
Lymfoida/hematologiska markörer Leukocyt vanligt antigen
CD3
CD4/CD8
CD20/CD79a
CD30
CD68
Kappa/Lambda
Mest mogna lymfocyter
T-celler
T-cellsundergrupper
B-celler
Stora lymfoida celler
Makrofager
Immunoglobulin lätta kedjor

Direkt immunfluorescens

Direkt immunofluorescensfärgning är en specifik typ av immunhistokemi, vanligtvis för att upptäcka närvaron av immunglobuliner och komplement i huden. En sats av fluorescein-isotiocyanat-märkta antikroppar mot IgG, IgM, IgA, fibrin och C3 appliceras på frusna sektioner av färsk vävnad och undersöks med fluorescensmikroskopi.

Karakteristiska färgningsmönster ses i immunbullösa sjukdomar, lupus erythematosus och vaskulit.

Cirkulerande hudantikroppar detekteras genom indirekt immunfluorescens. I denna teknik inkuberas patientens serum med skivepitel, och alla antikroppar som binder identifieras av en fluoresceinmärkt sond.


Material och metoder

Svampstammar / Odling

De F. oxysporum f. sp. lycopersici ras 2 stam 4287 (FGSC 9935) användes i alla experiment. De F. oxysporum mutant som konstitutivt uttrycker histon H1 sammansmält med mCherry rött fluorescerande protein (H1-mCherry) har tidigare beskrivits (Ruiz-Roldan et al., 2010). För att få en F. oxysporum stam som samtidigt uttrycker både H1-mCherry och Lifeact-sGFP fluorescerande reporter för F-aktin-visualisering (Fernández-솺los et al., 1998 Riedl et al., 2008), protoplaster av den tidigare erhållna H1-mCherry-stammen samtransformeras med en hygromycinresistenskassett plus en PgpdA::LifeAct-sGFP linjärt fragment (för detaljer se tilläggstext S1 och tilläggstabell S1), som tidigare beskrivits (Di Pietro et al., 2001 López-Berges et al., 2012). För produktion av mikrokonidier odlades kulturer i potatisdextrosbuljong (PDB Sigma P6685) vid 28ଌ och 120 rpm under 4𠄷 dagar. Mikrokonidier filtrerades genom ett skräddarsytt bomullsfiltersystem, skördades genom centrifugering och tvättades två gånger med rent vatten.

De U. maydis stammar som uttrycker opsin1 smält till förstärkt grönt fluorescerande protein (eGFP) beskrevs i detalj tidigare (Panzer et al., 2019) och härledda från vildtypsisolatet FB1 (Banuett och Herskowitz, 1989). Antingen stammen FB1 ΔUmOps1 Pcrg::UmOps1-eGFP K1 eller FB1 Pcrg::UmOps1-eGFP KA användes för ExM-experiment. U. maydis sporidier odlades som beskrivits tidigare (Panzer et al., 2019). Sporidier odlades i PDB i 15� timmar vid 28ଌ och 100 rpm, skördade genom centrifugering (4000× g3 min), tvättad en gång i ddH2O och återsuspenderad i ddH2O till en slutlig densitet av 6,5 x 10^ sporidier/ml. Vid behov inducerades uttryck av UmOps1-eGFP genom behandling med arabinosinnehållande induktionsmedium (Panzer et al., 2019).

Den icke-homologa änden sammanfogning-brist A. fumigatus stam AfS35 (Krappmann et al., 2006 Wagener et al., 2008) transformerades med plasmiderna pYZ011 och pYZ012. pYZ012 innehåller en fleomycinresistenskassett och kodar för ett mitokondrierriktat fusionsprotein för rött fluorescerande protein (RFP) som består av den N-terminala delen (52 aminosyror) av Aspergillus niger citratsyntas följt av mRFP1 under kontroll av Aspergillus nidulans gpdA promotor. pYZ011 har en pyritiaminresistenskassett och kodar A. fumigatus AFUA_1G10040 inklusive 230 bp av dess promotorregion, följt utan stoppkodon av kodningssekvensen för en GFP (S65T) (Heim et al., 1995), FPbas-ID: B6J33-derivat med följande modifikationer: M1_S2insV, E235_TWSCTSKISdelins. Stammen odlades på fast Aspergillus minimal medium (AMM) (Hill och Kafer, 2001) i T75 vävnadsodlingsflaskor (Sarstedt) för att undvika okontrollerad spridning av de hydrofoba svampsporerna. Sporer skördades genom att nedsänka dem med PBS och återsuspendera dem med hjälp av glaspärlor.

Enzymatisk nedbrytning av cellväggen och färgning

Svampsporer och sporidier såddes på poly-D-lysin (PDL)-belagda täckglas i vävnadsodlingsplattor med 4 brunnar (800 μL/brunn). Medan sporidier undersöktes efter 30 minuters sedimentering, fick konidier gro i respektive odlingsmedium i 18 timmar (A. fumigatus) eller 14� h (F. oxysporum). Om indikerat, inkuberades svampceller i 5� minuter i 0,5μM mCling-Atto643 fluorescerande färgämne löst i näringsmedia för att färga membranet. Efter tre tvättsteg med PBS fixerades proverna antingen direkt i 4 % formaldehyd och 0,25 % glutaraldehyd under 15 minuter (standardprocedur) eller, som vid mikrotubuli-detektion i U. maydis sporidier, behandlade enligt protokollet av Michie et al. (2017). Kortfattat prefixerades sporidier och permeabiliserades under 1 min i förvärmd cytoskelettbuffert (10 mM MES-buffert pH 6,1, 150 mM NaCl, 5 mM EGTA, 5 mM glukos och 5 mM MgCl2) innehållande ytterligare 0,25% Triton X-100 och 0,3% glutaraldehyd och slutligen fixerad under 10 minuter i cytoskelettbuffert försedd med 2% glutaraldehyd. För släckning av autofluorescens följdes fixering av en 7 minuters inkubation i 0,1 % NaBH4. Efter på varandra följande tvättning digererades cellväggarna i 1 timme vid RT med en cellväggslytisk enzymlösning, baserad på en enzymatisk blandning (0,1 g lyserande enzym av T. harzianum0,25 g driselas och 0,5 mg kitinas löst i 10 ml 0,7 M NaCl) som användes för generering av Fusarium fujikuroi protoplaster tidigare (Garc໚-Martínez et al., 2015). Den enzymatiska lösningen användes antingen direkt i experimenten eller lagrades vid �ଌ för senare användning. För behandling av unga groddar och U. maydis sporidia späddes enzymlösningen i ett förhållande av 1:5 med 0,7 M NaCl. Om ytterligare antikroppsfärgning krävdes, blockerades proverna i 30 minuter i 5% BSA / 0,25% Triton X-100 och inkuberades därefter med den primära anti-α-tubulinantikroppen (abcam, ab18251) i 1 timme. Efter tvättning inkuberades proverna i ytterligare en timme i motsvarande sekundära antikropp (Alexa 488-etikett, Thermo-fisher, A11008 eller ATTO647N-etikett, Sigma, 40839) upplöst i blockerande lösning och tvättad med PBS. Alla prover behandlades omedelbart för ExM.

Expansion

Omedelbart före gelning, som tidigare publicerats (Chozinski et al., 2016 Kunz et al., 2019), inkuberades proverna i 10 minuter med 0,25 % glutaraldehyd och tvättades med PBS. Därefter, en droppe av monomerlösningen [8,625 % natriumakrylat (Sigma, 408220), 2,5 % akrylamid (Sigma, A9926), 0,15 % N,N′-metylenbisakrylamid (Sigma, A9926), 2 M NaCl (S58Sigma, S58Sigma) ), 1 × PBS och 0,2 % nytillsatt ammoniumpersulfat (APS, Sigma, A3678) och tetrametyletylendiamin (TEMED, Sigma, T7024)] framställdes på parafilm i en fuktig petriskål. Med hjälp av pincett överfördes täckglaset med de fästa svamparna upp och ner på gelningsdroppen. Provet fick gela under minst 1 timme vid RT i den stängda skålen. För att säkerställa isotrop expansion homogeniserades prover (Gao et al., 2017) i rötningsbuffert [50 mM Tris pH 8,0, 1 mM EDTA (Sigma, ED2P), 0,5% Triton X-100 (Thermo Fisher, 28314) och 0,8 M guanidin HCl (Sigma, 50933)] försedd med 8 U/ml proteinas K (Thermo Fisher, AM2548) under 1 timme till över natten. Detta steg krävs för att minska sammanhållningen av de fixerade proteinerna medan de flesta cellulära föreningar tvättas ut gelén. Samtidigt förblir majoriteten av fluoroforerna bundna till polymeren (Tillberg et al., 2016). Digererade prover expanderades i ddH2O i 3𠄴 timmar. Vattnet byttes varje timme tills storleken på gelén inte ökade mer. Expanderade geler förvarades vid 4°x00B0C fram till användning. Expansionsfaktorn bestämdes av både svamparnas diameter och av gelstorleken före och efter expansion. Avbildning utfördes i PDL-belagda kammare (Merck, 734-2055) för att immobilisera gelerna.

Fluorescensmikroskopi

Avbildning utfördes på ett konfokalt inverterat system (Zeiss LSM700) eller på SIM-system (Zeiss ELYRA S.1 SR-SIM) utrustat med en 63x olja (används för oexpanderade prover) och ett 63x vattendoppande objektiv (används för ExM-prov C -Apochromat, 63 x 1,2 NA, Zeiss, 441777-9970). Vattenobjektivet var nödvändigt för att ge tillräckligt arbetsavstånd för att kunna avbilda de expanderade proverna. Oexpanderade CLSM-bilder togs med de idealiska pixelstorlekarna som tillhandahålls av programvaran (mellan 740 x 740 och 856 x 856 pixlar) och en pixeluppehållstid mellan 1,58 μs och 4,24 μs med lasereffekter mellan 1,5 % och 10 %. De expanderade proverna avbildades sedan igen med den optimala pixelstorleken och pixeluppehållstiden från 6,30 μs till 8,43 μs, med lasereffekter mellan 10 och 26 % med lasrar på 488 nm, 555 nm och 639 nm. Nålhålet justerades till 1 luftig enhet och fotomultiplikatorn sattes till 700. SIM-bilder rekonstruerades med ZEN-bildbehandlingsplattformen i SIM-modulen, med en fast pixelstorlek på 31 nm. Lasereffekten varierade mellan 8 och 25 % med laser på 488 nm, 561 nm och 642 nm med integrationstider mellan 100 ms och 300 ms. För slutlig bildbehandling användes Imaris 8.4.1 och FIJI 1.51 (Schindelin et al., 2012).


Direktmikroskopi av hudavskrapningar och nagelklipp

Materialet undersöks i mikroskop med en eller flera av dessa metoder:

  • Kaliumhydroxid (KOH) preparat, färgat med blått eller svart bläck
  • Fluorescerande färgning
  • Ett obefläckat våtfäste
  • Ett fläckigt torkat utstryk
  • Histopatologi av biopsi med speciella fläckar, såsom periodic acid-Schiff (PAS).

Mikroskopi kan identifiera en dermatofyt genom närvaron av:

  • Svamphyfer (grenade filament) som utgör ett mycel
  • Arthrosporer (avbrutna sporer)
  • Arthroconidia (specialiserade yttre sporer)
  • Sporer inuti ett hårstrå (endothrix) eller utanför ett hårstrå (ectothrix).

Svampelement är ibland svåra att hitta, särskilt om vävnaden är mycket inflammerad, så ett negativt resultat utesluter inte svampinfektion.

En svampinfektion kan identifieras genom närvaron av:

  • Jästceller, som kan dela sig genom knoppning
  • Pseudohyfer (grenade filament som liknar de hos en dermatofyt) som bildar ett pseudomycelium.

PAS-färgning av aspergillus sett i en hudbiopsi


En droppe bakteriesuspension blandas med färgämnen, såsom bläck eller nigrosin. Bakgrunden blir svartfärgad medan den ofärgade bakterie- eller jästkapseln sticker ut i kontrast. Detta är mycket användbart vid demonstration av kapslar som inte tar upp enkla fläckar.

Indien bläck Beredning

Negativa fläckar används när ett prov eller en del av det, såsom kapseln motstår att ta upp fläcken. Indien Bläckpreparat rekommenderas för användning vid identifiering av Cryptococcus neoformans.


Svampfrågor och svar | Mikrobiologi | Biologi

Vanliga frågor och svar om svampar. I den här artikeln kommer vi att diskutera om:- 1. Definition av svampar 2. svampars ursprung 3. metabolism 4. egenskaper 5. strukturer 6. reproduktion 7. klassificering 8. betydelse 9. sporer former 10. laboratoriediagnos.

  1. Frågor och svar # Definition av svampar
  2. Frågor och svar # Fungis ursprung
  3. Frågor och svar # Metabolism av svampar
  4. Frågor och svar # Svampars egenskaper
  5. Frågor och svar # Svampstrukturer
  6. Frågor och svar # Reproduktion av svampar
  7. Frågor och svar # Klassificering av svampar
  8. Frågor och svar # Svamparnas betydelse
  9. Frågor och svar # Sporeformer i svampar
  10. Frågor och svar # Laboratoriediagnos av svampinfektion

Frågor och svar # 1. Definition av svampar:

Svamparna är mer evolutionärt avancerade former av mikroorganismer, jämfört med ” prokaryoterna (prioner, virus, bakterier). De klassificeras som eukaryoter. d.v.s. de har ett diploid antal kromosomer och ett kärnmembran och har steroler i sitt plasmamembran. Genetisk komplexitet tillåter morfologisk komplexitet och därför har dessa organismer komplexa strukturella egenskaper som används vid artbildning.

Svampar kan delas in i två grundläggande morfologiska former, jästsvampar och hyfer. Jästsvampar är encelliga svampar som förökar sig asexuellt genom blastokonidierbildning (knoppning) eller fission. Hyfer är flercelliga svampar som förökar sig asexuellt och/eller sexuellt. Dimorfism är tillståndet där en svamp kan uppvisa antingen jästformen eller hyfalformen, beroende på tillväxtförhållandena.

Mycket få svampar uppvisar dimorfism. De flesta svampar förekommer i hyferformen som förgrenade, trådliknande rörformiga filament. Dessa filamentösa strukturer saknar antingen tvärväggar (koenocytiska) eller har tvärväggar (septat) beroende på art. I vissa fall utvecklar septa hyfer klämanslutningar vid septa som förbinder hyfelementen.

En massa hyphal element kallas mycelet (synonymt med mögel). Lufthyfer producerar ofta asexuella reproduktionsformer som kallas konidier (synonymt med sporer). Relativt stora och komplexa konidier benämns makrokonidier medan de mindre och enklare konidierna benämns mikrokonidier.

När konidierna är inneslutna i en säck (sporangiet) kallas de för endosporer. Närvaron/frånvaron av konidier och deras storlek, form och placering är viktiga egenskaper som används i laboratoriet för att identifiera svamparter i kliniska prover.

Asexuell reproduktion, via konidierbildning, involverar inte genetisk rekombination mellan två sexuella typer, medan sexuell reproduktion involverar genetisk rekombination mellan två sexuella typer.

Frågor och svar # 2. Svamparnas ursprung:

1840-talets Irland var ett ekonomiskt deprimerat land med åtta miljoner människor. De flesta var arrendatorer som betalade hyra till hyresvärdar som i sin tur var ansvariga för de engelska ägarna av fastigheten. Den enda skörden av irländska bönder var potatis, odlad säsong efter säsong på små landområden. Den lilla majs som fanns att tillgå matades vanligtvis till korna och grisarna. I början av decenniet förebådade kraftiga regn och fukt olycka.

Sedan, den 23 augusti 1845, rapporterade The Gardener’s Chronicle and Agricultural Gazette:

“En dödlig sjukdom har brutit ut bland potatisskörden. På alla håll hör vi om förstörelsen. I Belgien sägs fälten ha legat helt öde.”

Potatisen hade lidit förut. Det hade förekommit sårskorpa, torka, “curl,” och för mycket regn, men ingenting var riktigt så destruktivt som denna nya sjukdom. Den slog ner växterna som frost på sommaren. Börjar som svarta fläckar, förstörde bladen och stjälkarna och lämnade potatisen en rutten, mosig massa med en säregen och stötande lukt. Även den skördade potatisen ruttnade.

Vintern 1845-1846 var en katastrof för Irland. Bönderna lämnade den ruttna potatisen på fälten och sjukdomen spred sig. Först åt bönderna djurfodret och sedan djuren. De slukade också utsädespotatisen och lämnade ingenting kvar till vårplanteringen.

När svälten spred sig försökte den engelska regeringen hjälpa till genom att importera majs och etablera hjälpcentra. I England fick potatissjukan få återverkningar eftersom det engelska jordbruket omfattade olika spannmål, men i Irland spred sig hungersnöden snabbt.

Efter två år såg potatisrötan ut att mattas av, men 1847 var den tillbaka med råge. Trots hjälpinsatser från engelsmännen led över två miljoner irländare av svält. Så småningom gav sig omkring 900 000 överlevande iväg till Kanada och USA. De som stannade fick ta itu med ekonomiska och politiska omvälvningar såväl som elände och död.

Potatisskadan försvann 1848, men försvann inte. Istället dök den upp igen under blöta årstider och blommade ut igen. Till slut lämnade hundratusentals irländare landet och flyttade till städer eller främmande länder. Under 1860-talet kom stora vågor av irländska immigranter till USA. Många amerikaner härstammar från de svältande, demoraliserade bönderna.

Sådana är de historiska, politiska, ekonomiska och sociologiska effekterna av en svampart. Andra svampsjukdomar av frukt, spannmål och grönsaker kan vara lika förödande. Dessutom kommer vi att notera flera utbredda sjukdomar hos människor och djur som beror på svampar och vi kommer att möta många nyttiga svampar som de som används för att tillverka antibiotika, bröd och livsmedel eller används som insekticider. Vår studie kommer att börja med fokus på svamparnas strukturer, tillväxtmönster och livscykler.

Alla svampar lever fritt, d.v.s. de är inte obligatoriska intracellulära parasiter. De innehåller inte klorofyll och kan inte syntetisera makromolekyler från koldioxid och energi som härrör från ljusstrålar. Därför är alla svampar heterotrofer, som lever på förformat organiskt material.

För medicinska ändamål är de viktiga aspekterna av svampmetabolism:

1. Syntesen av kitin, en polymer av N-acetylglukosamin, och andra föreningar, för användning vid bildning av cellväggen. Dessa inducerar immun överkänslighet.

2. Syntesen av ergosterol för inkorporering i plasmamembranet. Detta gör plasmamembranet känsligt för de antimikrobiella medel som antingen blockerar syntesen av ergosterol eller förhindrar dess inkorporering i membranet eller binder till det, t.ex. amfotericin B.

3. Syntesen av toxiner som:

(a) Ergotalkaloider – dessa produceras av Claviceps purpurea och orsakar en alfaadrenerg blockad

(b) Psykotropa medel – dessa inkluderar psilocybin, psilocin och lysergsyradietylamid (LSD)

(c) Aflatoxiner – dessa är cancerframkallande ämnen som produceras av Aspergillus flavus när de odlas på spannmål. När dessa spannmål äts av människor eller när de matas till mjölkboskap och de kommer in i mjölkförrådet, påverkar de människor.

4. Syntesen av proteiner på ribosomer som skiljer sig från de som finns i bakterier. Detta gör svamparna immuna mot de antimikrobiella medel som är riktade mot den bakteriella ribosomen, t.ex. kloramfenikol.

5. Förmågan hos vissa metaboliter att förändra jästmorfologi och/eller assimileras av jäst med samtidig klinisk identifiering påverkar.

2. Innehåller inte klorofyll

4. Absorptiva heterotrofer – smälter först mat och absorberar den sedan i sina kroppar.

5. Frigör matsmältningsenzymer för att bryta ner organiskt material eller deras värd.

6. Lagra matenergi som glykogen

7. De flesta är saprober – lever på andra döda organismer

8. Viktiga nedbrytare och återvinnare av näringsämnen i miljön

9. De flesta är flercelliga, men några encelliga som jäst

10. Vissa är inre eller yttre parasiter, några är rovdjur som fångar byten

12. Saknar riktiga rötter, stjälkar och löv

13. Cellväggar är gjorda av kitin (en komplex polysackarid)

14. Väx som mikroskopiska rör eller filament som kallas hyfer som innehåller cytoplasma och kärnor

15. Hyfala nätverk kallas mycel

17. Reproducera genom sexuella och asexuella sporer

18. Antibiotikum penicillin kommer från Penicillium mögel

19. Klassificeras efter deras sexuella reproduktiva strukturer

20. Växer bäst i varma, fuktiga miljöer och föredrar skugga

21. Mykologi – studie av svampar

22. Fungicid – kemikalier som används för att döda svampar

23. Inkluderar jästsvampar, mögelsvampar, svampar, ringormar, puffbullar, rost, smuts etc.

24. Svampar kan ha utvecklats från prokaryoter genom endosymbios.

1. Kropp av en svamp gjord av små filament eller rör som kallas hyfer.

2. Hyfer innehåller cytoplasma och kärnor och har en cellvägg av kitin.

3. Varje hyfer är en kontinuerlig cell.

4. Hyfer växer och förgrenar sig kontinuerligt.

5. Septum (septa-plural) är tvärväggar med porer för att möjliggöra förflyttning av cytoplasman i hyfer.

6. Hyfer med septa kallas septathyfer.

7. Hyfer utan septa kallas koenocytiska hyfer.

8. Trassliga mattor av hyfer kallas mycel

9. Alla hyfer i ett mycel delar samma cytoplasma så material rör sig snabbt.

10. Hyfer växer snabbt från spetsarna genom celldelning.

11. Stolon är horisontella hyfer som förbinder grupper av hyfer med varandra.

12. Rhizoider är rotliknande delar av hyfer som förankrar svampen.

1. De flesta svampar förökar sig asexuellt och sexuellt.

2. Asexuell reproduktion producerar genetiskt identiska organismer och är den vanligaste metoden som används.

3. Sexuell reproduktion hos svampar sker när näringsämnen eller vatten är ont om.

4. Fruktkroppar är modifierade hyfer som gör asexuella sporer.

5. Fruktkroppar består av en upprätt stjälk eller sporangiofor med en säck som innehåller sporer som kallas sporangium.

6. Typer av fruktkroppar inkluderar basidier, sporangier och ascus.

7. Sporer – haploida celler med uttorkad cytoplasma och en skyddande päls som kan utvecklas till nya individer.

8. Vind, djur, vatten och insekter sprider sporer.

9. När sporen landar på fuktig yta bildas nya hyfer.

Frågor och svar # 6. Reproduktion av Svampar:

1. Svampar förökar sig asexuellt när miljöförhållandena är gynnsamma.

2. Vissa encelliga svampar förökar sig genom mitos.

3. Jästceller förökar sig genom knoppning där en del av cellen klämmer av för att producera fler jästceller.

4. Fotsvamp förökar sig genom fragmentering från en liten bit mycel.

5. De flesta svampar förökar sig asexuellt genom sporer.

6. Penicilliummögel producerar sporer som kallas konidier utan en skyddande påse på toppen av en stjälk som kallas konidioforen.

1. Svampar förökar sig sexuellt när miljöförhållandena är ogynnsamma.

2. Inga han- eller honsvampar.

3. Två parningstyper – plus (+) och minus (-)

4. Befruktning sker när (+) hyfer smälter samman med (-) hyfer för att bilda en 2N eller diploid zygot.

5. Vissa svampar visar dimorfism (förmåga att ändra sin form som svar på sina miljöförhållanden)

Frågor och svar # 7. Klassificering av svampar:

Svampar klassificeras efter deras reproduktiva strukturer. De 4 svamparna är Basidiomycota, Zygomycota, Ascomycota och Deuteromycota.

1. Kallas sporangiumsvampar eller vanliga mögelsvampar.

2. Inkluderar mögelsvampar och blingar som t.ex. blödningar som Rhizopus stolonifer (brödmögel).

3. Inga septa i hyfer (coenocytisk).

4. Asexuell reproduktiv struktur kallas sporangium och producerar sporangiosporer.

5. Rhizoider förankrar möglet, frigör matsmältningsenzymer och absorberar mat.

6. Asexuell reproduktiv struktur kallas sporangium och producerar sporangiosporer.

7. Sexuell spor som produceras genom konjugering när (+) hyfer och (-) smälter kallas zygospore.

8. Zygosporer kan uthärda tuffa miljöer tills förhållandena förbättras och nya sporangium.

2. Inkluderar svamp, paddasvampar, puffbullar, konsolsvampar, hyllsvampar, stinkhorn, rost och smuts

3. Vissa används som mat (svamp) och andra orsakar skördeskador (rost och smuts)

4. Reproducerar sig sällan asexuellt

5. Basdiocarp består av stjälk som kallas stipen och en tillplattad mössa.

6. Stipe kan ha en kjolliknande ring under locket som kallas annulus.

7. Gälar finns på undersidan av mössan och är fodrade med basidier.

8. Basidium – sexuell reproduktiv struktur som gör basidiosporer.

9. Basidiosporer frigörs från gälarna och gror för att bilda nya hyfer och mycel.

10. Vegetativa strukturer som finns under jord och inkluderar rhizoider (förankrar och absorberar näringsämnen), hyfer och mycel.

2. Innehåller jäst, koppsvampar, tryffel, mjöldagg och murklor

1. Vissa är parasiter som orsakar holländsk almsjuka och kastanjebränna.

2. Säcksvampar kan föröka sig både sexuellt och asexuellt.

3. Jäst förökar sig asexuellt genom knoppning (bildar små knoppliknande celler som bryter av och gör mer jäst)

4. Asexuella sporer som kallas konidier bildas på spetsarna av specialiserade hyfer som kallas kondioforer.

5. Ascocarp – specialized hyphae formed by parent fungi during sexual reproduction.

6. Ascus – sacs within the ascocarp that form spores called ascospores.

1. Symbiotic association between a sac fungus and a photosynthetic green algae or cyanobacteria.

2. Both organisms benefit (algae makes food and fungus supplies moisture, shelter, and anchorage)

3. Grow on rocks, trees, buildings, etc. and help form soil.

4. Crustose lichens grow on rocks and trees fructose lichens grow shrub-like foliose lichens grow mat-like on the soil.

1. Symbiotic association of a fungus living on plant roots.

2. Most plants have mycorrhizae on their roots.

3. Fungus absorbs sugars made by plant.

4. Plants absorb more water and minerals with aid of the fungus.

1. Fungal spores cause allergies

2. Molds, mildew, rust, and smuts damage crops

3. Yeasts are used to make beer and bread

5. Decomposers and recyclers of nutrients

6. Mushrooms eaten as food

8. Aspergillus is used to make soy sauce

9. Cause athlete’s foot and ringworm

10. Amanita is poisonous mushroom

11. Can cause yeast infections

Species are important human pathogens that are best known for causing opportunist infections in immuno compromised hosts (e.g. transplant patients, AIDS sufferers, cancer patients). Infections are difficult to treat and can be very serious – 30-40% of systemic infections result in death.

The sequencing of the genome of C. albicans and those of several other medically relevant Candida species has provided a major impetus for Candida comparative and functional genomic analyses. These studies are aiding the development of sensitive diagnostic strategies and novel antifungal therapies.

Aspergillus spores are found nearly everywhere so we are routinely and almost constantly exposed to them. Such exposure is a normal part of the human condition and generally poses no adverse health effects. Nevertheless, Aspergillus can and does cause disease in three major ways: through the production of mycotoxins through induction of allergenic responses and through localized or systemic infections. With the latter two categories, the immune status of the host is pivotal.

Allergies and asthma are thought to be caused by an active host immune response against the presence of fungal spores or hyphae. In contrast, with invasive aspergillosis, the immune system has collapsed and little or no defence can be mounted.

The most common pathogenic species are Aspergillus fumigatus and Aspergillus flavus. Aspergillus flavus produces aflatoxin which is both a toxin and a carcinogen and which can potentially contaminate foods such as nuts. Aspergillus fumigatus and Aspergillus clavatus can cause allergic disease.

Some Aspergillus species cause disease on grain crops, especially maize, and synthesize mycotoxins including aflatoxin. Aspergillosis is the group of diseases caused by Aspergillus. The symptoms include fever, cough, chest pain or breathlessness. Usually, only patients with weakened immune systems or with other lung conditions are susceptible.

Cryptococcus neoformans can cause a severe form of meningitis and meningo­encephalitis in patients with HIV infection and AIDS. The majority of Cryptococcus species lives in the soil and do not cause disease in humans. Cryptococcus neoformans is the major human and animal pathogen.

Cryptococcus laurentii and Cryptococcus albidus have been known to occasionally cause moderate-to-severe disease in human patients with compromised immunity. Cryptococcus gattii is endemic to tropical parts of the continent of Africa and Australia and can cause disease in non-immunocompromised people

Histoplasma capsulatum can cause histoplasmosis in humans, dogs and cats. The fungus is most prevalent in the Americas, India and southeastern Asia. It is endemic in certain areas of the United States. Infection is usually due to inhaling contaminated air.

Pneumocystis jirovecii (or Pneumocystis carinii) can cause a form of pneumonia in people with weakened immune systems, such as premature children, the elderly, and AIDS patients.

Stachybotrys chartarum or “black mold” can cause respiratory damage and severe headaches. It frequently occurs in houses in regions that are chronically damp.

Questions and Answers # 9. Spore Forms in Fungi:

Fungi reproduce both asexually and sexual­ly by different types of spores. Some spores are the unit of dispersal, but others function as rest­ing spores to overcome the unfavourable period, and some others have the efficiency to serve both the above functions.

The spores are mainly divided into two groups:

The spores formed during asexual reproduction are the asexual spores. Basically the asexual spores are of two types: sporangiospores, and conidia.

The sporangiospores are developed inside a sac-like structure, the sporangium.

Sporangio­spores are of two types, zoospores and aplanospores:

Zoospores (Fig. 4.4) are the characteristic spore of the subdivision Mastigomycotina. Three types of zoo­spores are produced in this group.

i. Anteriorly uniflagellate, these are pyriform in shape having one whiplash (Synchytrium) or tinsel (Rhizidiomyces) type of flagellum anteriorly.

ii. Anteriorly biflagellate. These are pyriform in shape having two flagella (one whiplash and one tinsel type), placed anteriorly., e.g., Saprolegnia etc.

iii. Laterally biflagellate. These are kidney-shaped having two flagella (one whiplash and one tinsel type), placed laterally, e.g., Phytophthora, Pythium etc.

The sporangiospores of this type are devoid of flagella and are called aplanospores (Fig. 4.8L). It is the characteristic spore of Mucorales under Zygomycetes, e.g., Mucor, Rhizopus etc.

The conidia (Fig. 4.8A, B, C) differ from aplanospores because they are not enclosed by a separate sporangial wall. They are usually developed at the apex of hyphae.

Conidia show variability in both their form and development. They are main­ly divided on the basis of their mode of development.

There are two basic modes of development of conidia: bias- tic and thallic. In blastic type, marked enlargement of conidium initial takes place before it is delimited by the sep­tum. In thallic type, enlargement of the conidium initial takes place only after the initial has been delimited by the septum.

These are divided into two types:

1. Blastoconidia. They can develop from a cell of an undifferentiated hypha or conidiophore at o e or more points through budding, either apically or late­rally. They may develop either singly or in chains, e.g., Aureobasidium, Cladosporium etc.

2. Phialoconidia. They develop from a bottle-shaped cell, the phialide. Single conidium reaches full size before being cut off by septation and immediately another one develops underneath. Thus generally a chain of conidia are deve­loped, where younger one always remains near the mother, e.g., Tricho- derma, Fusarium.

1. Thalloconidia. In this type, the conidia are developed on hypha either singly or in short or long, branched or unbranched chains and enlargement of the conidium initial takes place only after the initial has been delimited by septum, e.g., Erysiphe, Penicillium, Geotrichum, Oidium etc.

The spores formed after sexual reproduction are the sexual spores. There are four types of sexual spores in fungi.

These are oospores, zygospores, ascospores and basidiospores:

These are diploid (2n) spores formed by the union between egg and male nucleus. Coming in contact with the oogonium, the antheridium passes its nucleus inside the oogonium through fertilisation tube and forms oospore. It is a resting spore, e.g., members of Oomycetes under Mastigomycotina.

Like Oospore, it is also a resting spore formed by the union of two gametangia into a single cell. The cell develops into a thick-walled, black and warty structure, the Zygospore, e.g., members of Zygomycetes. In majority of the members of Mastigo­mycotina and Zygomycotina, the sexually produced spores are developed freely and are not surrounded by sterile hyphae. But in Ascomycotina and Basidiomycotina, the spores are commonly surrounded by sterile hyphae and are called ascocarps and basidiocarps respec­tively.

Ascospores are developed by the union of two gametangia. The ascospores are always developed in (i.e., endogenously) a sac-like structure, the ascus, and thus the fungi containing asci are commonly called sac fungi.

The ascospores are uninucleate and uni­cellular generally oval, round or elon­gated structure. They are generally 8 in an ascus, but may be 4 (Saccharomyces cerevisiae, Saccharo­mycodes ludwigii) or numerous.

The basidiospores are developed on (i.e., exogenously) basidia. The basidia are developed from the dikaryotic cell. During this process a long gap is generally maintained between plasmogamy and karyogamy. Basidia are usually of two types: Holobasidium i.e., aseptate basidium and Phragmobasidium.

The basidiospores are unicellular, uni­nucleate, thin walled generally round to oval structure, developed on basi­dium. They are generally four in num­ber per basidium but may be two or many (e.g., Ustigo nuda tritici).

Questions and Answers # 10. Laboratory Diagnosis of Fungal Infection:

The KOH test for fungus is conducted on an outpatient basis and patients do not need to prepare in advance. Results are usually available while the patient waits or the next day if sent to a clinical laboratory. The KOH test procedure may be performed by a physician, physician assistant, medical assistant, nurse, or medical laboratory technician. If fungal cultures are required, the test is performed by a technologist who specializes in microbiology.

1. Collection – Skin, nail, or hair samples are collected from the infected area on the patient. For skin samples, a scalpel or edge of a glass slide is used to gently scrape skin scales from the infected area. For hair samples, a forceps is used to remove hair shafts and follicles from the infected site. If the test is being sent to a laboratory, the scrapings are placed in a sterile covered container.

2. The scrapings are placed directly onto a microscope slide and are covered with 10% or 20% potassium hydroxide.

3. The slide is left to stand until clear, normally between five and fifteen minutes, in order to dissolve skin cells, hair, and debris.

4. To enhance clearing dimethyl sulfoxide can be added to the slide. To make the fungi easier to see lactophenol cotton blue stain can be added.

5. The slide is gently heated to speed up the action of the KOH.

6. Adding calcofluor-white stain to the slide will cause the fungi to become fluorescent, making them easier to identify under a fluorescent microscope.

7. Place the slide under a microscope to read.

Dermatophytes are easily recognized under the microscope by their long branch-like tubular structures called hyphae. Fungi causing ringworm infections produce septate (segmented) hyphae. Some show the presence of spores formed directly from the hyphae (arthroconidia).

Under the microscope Tinea versicolor is recognized by curved hyphae and round yeast forms that give it a spaghetti-and-meatball appearance. Yeast cells appear round or oval and budding forms may be seen. The KOH prep cannot identify the specific organism the specimen can be submitted for fungal culture to identify the organism.

8. A normal, or negative, KOH test shows no fungi (no dermatophytes or yeast). Dermatophytes or yeast seen on a KOH test indicate the person has a fungal infection. Follow-up tests are usually unnecessary.

9. The skin may be sore after the test because of the tissue being scraped off the top of the surface of the skin.

Specimens should be collected in sterile containers or with sterile swabs and transported immediately to the laboratory. This product is used in conjunction with other biochemical and serological tests to identify cultures of isolated organisms.

Mix the specimen with a small drop of India on a clean glass slide. Place a cover slip over the smear and press gently. The preparation should be brownish, not black. Using reduced examine the smear microscopically (100X) for the presence of encapsulated cells as indicated by clear zones surrounding the cells.

Note – The India is ready to use. Further dilution with water is not recommended.

Note – Production of capsular material may be increased by cultivation in a 1% peptone solution (Peptone Broth ).

Fungal cultures are a test to try and ascertain the type of fungal organism that is responsible for an infection or even the presence of the organism in the first place. Fungi are one of the five classes of pathogens that cause disease the other being viruses, bacteria, prions, and helminthes.

It is very important that the correct organism is identified during an infection because the drug treatments differ according to the type of organism and one treatment would not work for the other.

A fungus culture is usually acquired from wound exudates and swabs of areas that are within the body like the mouth and vagina. Very rarely can fungi cause infections within the body because the human immune system is more than adapt at eliminating fungi.

However, sometimes, a fungal blood culture might need to be done because of a condition called fungal sepsis. Sepsis is the presence of bacteria or an infection in the blood. This is a very rare condition and a medical emergency as well. The fungal culture test that is performed in this condition will usually turn up the Candida fungus as the causative organism, though the list is quite endless.

A fungal culture is taken from a part of the body in secretions or by taking a blood sample. Most infections with fungi are limited to the skin, oral mucosa, or the genitals. Very rarely does fungal sepsis actually occur unless a patient is severely immune-compromised. This is usually the case in patients with AIDS or with diabetes. Both of these diseases will cause the immune system to stop working altogether giving rise to all sorts of opportunistic infections.

A fungal growth is acquired by analyzing the secretions and exudates from a wound or by swabbing a surface that is infected. A blood sample might also be required for checking for the presence of fungi in the blood. The sample is then cultured in a fungus-friendly environment for up to a week or more before the fungal colonies become visible.

This stain is prepared over two days.

1. On the first day, dissolve the Cotton Blue in the distilled water. Leave overnight to eliminate insoluble dye.

2. On the second day, wearing gloves add the phenol crystals to the lactic acid in a glass beaker, place on magnetic stirrer until the phenol is dissolved.

4. Filter the Cotton Blue and distilled water solution into the phenol/glycerol/lactic acid solution. Mix and store at room temperature.

1. Calcofluor White with 10% KOH

2. Potassium Hydroxide (KOH) with Chlorazol Black

5. Cello tape Flag Preparations

6. Slide Culture Preparations

7. Southgate’s Mucicarmine stain

8. Periodic acid-Schiff (PAS) and PAS Digest stain

9. Grocott’s Methenamine Silver (GMS) stain

Cryptococcus neoformans, because of its large polysaccharide capsule, can be visualized by the India stain. Organisms that possess a polysaccharide capsule exhibit a halo around the cell against the black background created by the India.


Common Stains for Slide Preparation

Since most biological structures are transparent, we need a technique to distinguish clearly the parts as we observe under the microscope. This is possible by employing some means by which contrast between different structures can be obtained. Sometimes adjusting light helps but the most common method is staining.

Stains such as methylene blue in low concentrations does not harm the tissues and so can be safely used on living materials. Such stains are called vital stains.

For making temporary slides stains such as methylene blue, idodine, aniline hydrochloride, safranin etc are used.

Given below are some common stains and their uses and the colour they show up as:

Iodine: Stains carbohydrates in plant and animal specimens brown or blue- black.Stains glycogen red.

Methylene blue: Stains acidic cell parts (like nucleus) blue. Use on animal, bacteria and blood specimens. Can be used as a substitute for Janis B green.

Eosin Y: Stains alkaline cell parts (like cytoplasm) pink. Use on plants,animals and blood. Can be used as a substitute for Congo Red and Carmine.

Safranin : Mainly used for sections of plant tissues, stains red

Toluidene blue: Stains acidic cell parts (like nucleus) dark blue. Good to show mitosis in plant cells.

Wright’s stain: Stains red blood cells pink/red.

Leishman’s stain: Stains nucleus of WBC blue and blood cells pink

Crystal Violet: Stains bacteria purple

Aceto-orcein: Biological stain for chromosomes and connective tissue.

Sudan III: Biological stain used as a lipid indicator.

1 comment to Common Stains for Slide Preparation

can you give memore information about slides stains and detail yours thanks leon


3.2B: General Staining Methods

  • Contributed by Boundless
  • General Microbiology at Boundless

Staining is a technique used in microscopy to enhance contrast in a microscopic image. Stains and dyes are frequently used to highlight structures in microbes for viewing, often with the aid of different microscopes. Stains may be used to define and examine different types of microbes, various stages of cellular life (e.g., the mitotic cycle), and even organelles within individual cells (e.g., mitochondria or chloroplasts).

In-vivo staining is the process of dyeing living tissue &mdash in vivo means &ldquoin life&rdquo (as contrasted to in-vitro staining). When a certain cell or structure takes on contrasting color(s), its form (morphology) or position within a cell or tissue can be readily seen and studied. The usual purpose is to reveal cytological details that might otherwise not be apparent however, staining can also reveal where certain chemicals or specific chemical reactions are taking place within cells. In-vitro staining involves coloring cells or structures that have been removed from their biological context. Certain stains are often combined to reveal more details and features than a single stain could reveal alone, and a counterstain is a stain that increases visibility of cells or structures when the principal stain is not sufficient. Scientists and physicians can combine staining with specific protocols for fixation and sample preparation and can use these standard techniques as consistent, repeatable diagnostic tools.

There are an incredible number of stains that can be used in a variety of different methods. What follows here are some common aspects of the process of preparing for in-vitro staining.

  • Fixation: This can itself consist of several steps. Fixation aims to preserve the shape of the cells (in this case, microbes) as much as possible. Sometimes heat fixation is used to kill, adhere, and alter the cells so they will accept stains. Most chemical fixatives generate chemical bonds between proteins and other substances within the sample, increasing their rigidity. Common fixatives include formaldehyde, ethanol, methanol, and picric acid.
  • Permeabilization: This involves treatment of the cells with (usually) a mild surfactant. This treatment dissolves cell membranes, allowing larger dye molecules to enter the cell&rsquos interior.
  • Mounting: This step usually involves attaching the samples to a glass microscope slide for observation and analysis. In some cases, cells may be grown directly on a slide. For samples of loose cells the sample can be directly applied to a slide.

At its simplest, the actual staining process may involve immersing the sample (before or after fixation and mounting) in dye solution, followed by rinsing and observation. Many dyes, however, require the use of a mordant &mdash a chemical compound that reacts with the stain to form an insoluble colored precipitate. When the excess dye solution is washed away, the mordanted stain remains. There is an incredible array of stains that can be used at this step, from those that stain specific microbial types (see the figure below) to those that highlight sub-compartments or organelles of a cell, such as the nucleus or endoplasmic reticulum. Alternatively, negative staining can be employed. This is a simple staining method for bacteria, performed by smearing the cells onto the slide and then applying nigrosin (a black synthetic dye) or Indian ink (an aqueous suspension of carbon particles). After drying, the microorganisms may be viewed in bright field microscopy as lighter inclusions contrast well against the dark environment surrounding them

Figure: Chlamydia Stain: Cells of the bacterial pathogen chlamydia (indicated by arrows) are highlighted by a stain called &ldquogeimsa. &ldquo

Live, in-vivo staining microscopy shares many of these steps, with the exception of fixation, which invariably kills the microbe to be examined.



Kommentarer:

  1. Abd Er Rahman

    Det finns något i detta och jag tycker att det här är en bra idé. Jag håller helt med dig.

  2. Kajora

    Kunde ha skrivit bättre

  3. Akinojas

    Jösses!!! :)



Skriv ett meddelande